北路马林军听到消息，急据离萨尔浒西北30多里的尚间崖，把进攻转为防御：环营挖了3道壕沟，把火器排列壕外，以骑兵居后。监军潘宗颜与游击龚念遂各领一队人马到几里外的地方驻扎，成犄角之势，三处都摆上大车以挡后金骑兵突击。努尔哈赤率1000精兵突破龚念遂营后又驰往尚间崖。大车挡不住后金骑兵贯穿马林的布阵而与大军夹击明军。尚间崖下，河水为明兵鲜血染红。潘宗颜的阵也守不住了，马林只好收拾残兵退回开原。叶赫兵在半路上听到马林失败消息，就退回去了。杨镐听到消息，连忙止住李如柏和刘军进发。李如柏一军保住了，但刘已经出发，已到达离都城兴京只50多里的地方了。他们并不知道两军的失败情况。努尔哈赤知道刘节制严整，炮车、火器都厉害，就让投降的明军持杜松令箭对刘说西路军已接近兴京，担心西路夺了头功的刘连忙把部队一分为四，加速前进。初三在董鄂地方（今辽宁桓仁），刘击败后金守兵。初四，当他到达阿布达里冈后就进入努尔哈赤预先布置好了的口袋，遭到伏击，刘战死。
刘兵败后，努尔哈赤次子代善立即率领八旗兵进击帮助明军的朝鲜兵。初四日朝鲜兵到距赫图阿拉60里一个叫富蔡的地方。代善率八旗兵突入营中，饥饿而装备甚差的朝鲜兵不堪一击，纷纷投降。连都元帅姜弘立与副元帅金景瑞也都投了降，而明监军乔一琦跳崖身亡。
松锦大战
松锦大战是皇太极时期清军与明军在东北地区的又一次大仗。“锦”指锦州，“松”指锦州南18里的松山，是东北通往关内的战略要地。崇德五年（1640）三月至七年二月，皇太极为了打通进入关内的通道，在此组织了一次大仗。此仗又以皇太极的胜利和明朝的失败结束。此后明朝在关外对清朝只有招架之功，而无还手之力了。
以前，由于东北通向中原的咽喉山海关扼于明朝之手，清兵入关只能抢劫财物，不能占领土地。皇太极志在进入中原占领全国，必须占领山海关，而要占领山海关，又必须夺取关外4城：锦州、松山、杏山、大凌河。大凌河城已于崇德三年十月攻下平毁，此后便把宁锦作为重点进攻目标。崇德四年二月，皇太极率军数万轰击松山，但死伤2000余人而未能攻下。这教育了皇太极，攻破宁锦，必须做好准备。崇德五年（1640）三月，他令多尔衮、豪格、济尔哈朗等屯田义州，以备粮草。六月，皇太极任命多尔衮为攻锦州统帅。多尔衮驻锦州30里外，允许士兵轮流回家，城里人可以自由出入。皇太极知道后大怒，六年三月多尔衮被降职为多罗郡王，罚款万两，其他围锦将领如阿巴泰、杜度也都被降了职，罚了款。命济尔哈朗代替多尔衮职务。济尔哈朗在锦州四周挖深壕，把锦州围个铁桶一般。招守城明将祖大寿投降，不应。锦州的外城由蒙古兵据守，他们害怕清兵围困，投降了清军。驻守内城的明将祖大寿，连忙急告明廷，要求增援。
夏五月，明廷以蓟辽总督洪承畴率八总兵共13万兵马赴援，屯宁远、锦州之间。八总兵是：王朴（大同总兵）、唐通（密云总兵）、杨国柱（宣府总兵）、马科(山海关总兵）、曹变蛟（玉田总兵）、白广恩（蓟州总兵）、吴三桂（宁远总兵）、王廷臣（前屯卫总兵）。祖大寿从锦州城中传语洪承畴不要轻率作战，洪承畴也主张慎行。洪承畴计划粮饷辎重先由杏山输往松山，再由松山送往锦州。明兵部尚书陈新甲怕出兵久，粮饷难以供应，派遣职方郎张若麒以监军身份要他们速战。崇祯皇帝也以密敕要洪承畴刻期进兵。七月二十六日洪承畴率八总兵开往松山，二十八日次松山。杨国柱先到，陷清军埋伏，中流矢而卒，以山西总兵李辅明接替。洪承畴将粮草放在宁远、杏山、塔山外的笔架山，曹变蛟的7个营的步军驻扎乳峰山之西、松山之北，环以长壕。骑兵安排在城的东南北3个方向，壁垒坚固。在明军打击下，清军将领3降2死，多尔衮、豪格难以招架。八月，皇太极统帅大军赴授。清军一字排开，自乌欣河南山一直排到海滨，居于松山和杏山之间，割断杏山粮饷，缴获明军笔架山上的粮食12堆。明军失粮道后便将步兵七营撤掉，背松山城列阵。皇太极估计明军带的粮食只能吃六七天，七天后他们一定会撤兵。于是他把清军潜伏在塔山、杏山、小凌河要隘，伏击逃兵，同时增加守护笔架山粮草的兵力。不出所料，洪承畴与八总兵商议，决定让王廷臣、曹变蛟与洪承畴留在松山，其余六总兵分两路回宁远就食。王朴率兵先乘夜色逃跑，其余总兵相继离开。队伍没有秩序，争先恐后。自杏山往南，沿海到塔山，为清军邀击掩杀，溺死海中的不计其数。王朴、吴三桂带着兵马在塔山为清兵所阻，回到杏山，过了几天，又回宁远。洪承畴像 在高桥遇到清兵埋伏，大败，他们只身逃到宁远。其余几名将领落荒而逃。洪承畴与辽东巡抚邱民仰率将吏入松山城。曹变蛟夜袭皇太极御营，但被击退。洪承畴13万兵马，被歼5万多人。自此，锦州围困更急，松山也围困很紧，外援断绝。
九月洪承畴、曹变蛟率领城中全部马步兵突围，失败退回。七年二月，守松山的副将夏成德降清，松山城破，洪承畴、曹变蛟、王廷臣及巡抚邱民仰、总兵祖大乐等都被俘。只洪承畴、祖大乐被送往沈阳，其余被杀。三月，锦州无粮，“人相食”，祖大寿投降，松锦大战结束。
杏山、塔山两处明将不降，四月九日，济尔哈朗以红衣大炮炮轰塔山，歼灭明军七千。二十二日，又炮轰杏山，豁口长达25丈，明军投降。松锦之战结束。
失去松锦，明朝就失去了辽东到关内的战略要地。清军进入中原只是时间和机会的问题了。
入关之战
顺治元年四月二十二日清朝睿亲王多尔衮指挥清兵以以逸待劳的战术在山海关战胜李自成，清朝从此开始进军中原统一全国，由割据政权变为全国性的政权，而山海关之战便是清朝历史上关键性的一战。
这一仗需从吴三桂说起。
吴三桂字长白，江苏高邮人，父亲叫吴襄，住北京。吴三桂是崇祯时总兵，守宁远。顺治元年三月，当李自成自太原而宁武、大同，向北京进军之时，崇祯帝封他为平西伯，入卫京都。吴三桂向北京进发，在滦州（河北滦县）遭遇李自成派来攻滦州的两位降将——唐通、白广恩，之后又退回山海关。李自成叫吴襄给吴三桂写了一封劝降信，加上4万两犒银，由唐通送给吴三桂。吴三桂见大势已去，决定投降。
山海关由李自成派来的2万人驻守。当吴三桂走到滦州时，听到爱妾陈圆圆被李自成的大将刘宗敏掠去，大怒，立刻改变投降主意。返回山海关，赶走李自成守关将士。四月十五日，吴三桂写信给多尔衮乞降并乞师，共同攻打李自成。二十日多尔衮再次得到吴三桂催师函，二十一日多尔衮率师到离关10里处。
得知吴三桂变卦消息后，李自成于二十一日率兵数万（一说20万，又一说6万），到山海关，以吴襄为人质。并派唐通出兵一片石（在山海关北）堵截吴三桂。又派兵政部尚书王则尧再去招降吴三桂。清军击败唐通，王则尧为吴三桂扣留。吴三桂迎接多尔衮，剃发，表示效死清廷。多尔衮令吴三桂为先锋，以白布系肩，作记号，以便第二天大战时辨认。
第二天大战。农民军队伍从北山排到海边。吴三桂依多尔衮命令，冲击李自成的前锋。李自成在西山观战。农民军张两翼围吴军数匝，双方相斗数十回合，呼声震海。战至中午，刮起大风，灰尘漫天。就在农民军疲敝的此时，清将阿济格、多铎率铁骑冲击农民军中坚。清军入关，农民军原来不知道。李自成见了，吃惊地说：“这是满洲兵！”便策马下岗。农民军见李自成下岗，军心涣散，便溃散了。
多尔衮令吴三桂追赶，至永平，李自成再败。吴三桂将王则尧交给多尔衮，多尔衮杀王则尧，封吴三桂为平西王。
李自成在向北京撤退路上杀吴襄。至京，杀了吴三桂全家。四月二十九日，李自成在北京即皇帝位。次日西撤。
20年抗清烈火 20年血腥镇压
清廷入关，引发了剧烈的民族矛盾，长城内外，大江南北，都燃起了抗清烈火，此起彼伏，长达20多年。抗清力量可分为三支：农民起义军、残明政权和汉族官僚知识分子。清政府利用抗清力量本身的矛盾，采取各个击破的方针，经过20多年的漫长岁月，依靠八旗、绿营，采取剿抚并举的策略终于把三支力量都镇压了下去，实现了全国的统一。
农民起义军的抗清及清王朝的镇压
当李自成的农民起义军蓬勃发展，明王朝就要被他们取而代之时，多尔衮曾派人以福临的名义给农民军送信，表示“协谋同心，并取中原”，欲分一杯羹。后来范文程献计，改与农民军共同争夺明朝天下为与农民军争夺天下，便把农民军视为统一中原的最大障碍而作为重点打击对象。早在吴三桂“乞师”之时，多尔衮就恶狠狠地说：“与流贼不共戴天。”多尔衮率军进关，进攻农民起义军，打的是“为明讨贼”的旗号，以引诱明朝官僚地主的支持。他们在山海关击败李自成后，一直穷追不舍。农民起义军斗志顽强，大部在抗清失败后，余部仍坚持了10多年。
李自成山海关失败后，于顺治元年四月三十日离开北京，南走河北，然后西走山西。多尔衮即令英王阿济格、多铎、吴三桂紧追不舍。顺治元年五月，李自成在河北望都、定州反击清军失败。五月四日到真定，当日与第二日李自成与吴三桂大战，被射中胁下，负伤而走。然后，李自成率兵经井陉（ｘíｎɡ），过固关，入山西。十二日，清军到了固关就停止追击，返回北京。
李岩建议到河南发展，李自成听信牛金星谗言把他杀害，离散了军心和人心。九月十五日，随李自成西撤的唐通降清，引清军进攻李自成家乡米脂县。
顺治元年七月上旬李自成回到西安，确定以关中为根据地，打算“先恢剿宁武、代州、大同、宣府等处，后赴北京、山海，剿除辽左”。他派兵守陕北，进攻晋北，出潼关，下河南，招降了大同明总兵姜瓖。
十月十九日多尔衮令阿济格攻打李自成，吴三桂、尚可喜跟随出征。二十五日又派多铎带领孔有德、耿仲明先讨伐李自成，然后征服南明政权。顺治二年正月，费英东子图赖率兵攻打潼关，李自成败绩。当时阿济格与吴三桂已到西安之北，李自成放弃西安，潼关、西安相继陷于清军之手。李自成从蓝田经武关（陕西丹凤东南）入湖北襄阳，在九宫山为地主杀害。
李自成死后，余部坚持抗清。郝摇旗、刘体纯率10多万人与明将何腾蛟联合，李自成妻高夫人与高一功、李过率30万人与明将堵胤锡联合。联军在岳州城下、藤溪、湘阴大胜清平南大将军勒克德浑率领的清军。四年十一月，明督师何腾蛟率焦琏（ｌｉáｎ）、郝摇旗在广西全州大胜孔有德、耿仲明、尚可喜。六年二月，清廷集大军进攻湖南，何腾蛟被杀，郝摇旗、刘体纯与其他一些农民将领如李来亨、袁宗第等联合明将谭文、王光兴等到川、鄂继续抗清。康熙二年，抗清将领们在清兵围困下相继战死。
郝摇旗等先在湖南抗清，受到南明政权的排斥，便转到川、鄂地区。该地区西至大巴山、巫山，东临武当山、荆山，居长江三峡，地势险要，易守难攻。这个地区的抗清农民首领，除郝摇旗外还有刘体纯、李来亨、袁宗第、党守素、塔天宝、马腾云，明将则有王光兴、王光昌、贺珍、谭宏、谭诣、谭文，共13人，故称夔东十三家。他们用永历年号，两围重庆。康熙元年，四川总督李国英提出由四川、湖广、陕西三省会剿，得到清廷的批准。
康熙二年（1663）正月春节李国英率师从夔州（今奉节县）出发，直抵羊耳山进攻袁宗第，初三攻克袁部据点大昌城。但袁部已提前撤离到茶园坪山寨并焚毁城内外房屋，因而李国英占领的是一座空城。袁部贺道宁投降，其据点大宁被清军占领。下旬李国英攻打茶园坪。二十三、四两日，两军激战甘沟关与茶园坪，袁部战死、跳崖与被俘甚众。两军激战甘沟关，袁率残部往巴东与郝摇旗部会合。
正月初五李来亨、马腾云、党守素合兵万人，与湖广提督董学礼3万人激战兴山李家崖，兵力损失过半，余部转移。清军攻下归州、巴东、巫山等地。陕西提督王一正率兵25000进入湖北，攻占竹溪、竹山，连续击败郝永忠于赤土坡、邓川峪、张老河。接着，王一正占领郝永忠经营12年之久的房县。
三月九日，董学礼夺取李来亨所据守的南阳河的两个险关，但二十五日，李来亨士兵化装混入商贩中，配合攻击部队，袭击董部，使之损失巨大。
二十五日，刘体纯、李来亨、郝摇旗、袁宗第、党守素、塔天宝、马腾云一共50000人，到达巫山，企图一举击败清军。战斗异常激烈、悲壮，李国英顽抗。在关键时刻，义军粮草被李国英一支援军切断，义军不幸失败，阵亡7000人。
八月十九日，清廷派出大批援军分别前往湖广、巫山、兴山。十二月上旬至下旬，义军大小首领千人投降，刘体纯全家自尽，郝永忠、袁宗第在四川大兴县黄草坪被俘，三年初被杀。夔东十三家抗清失败。
七年十二月多尔衮病死，八年初顺治亲政。顺治变多尔衮重在武力镇压的做法为剿抚并用。他还制定了先西南后东南的策略。八年令敬谨亲王尼堪为定远大将军，偕贝勒屯齐进攻湖南、广东，令吴三桂偕李国翰进攻孙可望、李定国。吴三桂连下成都、叙州（今宜宾）与重庆。十年令洪承畴经略湖广、两广和云贵。
张献忠于清顺治元年取四川，建立大西政权。三年七月入川北西充山抗清。十二月，靖远大将军豪格入四川，张献忠在西充凤凰山与清军作战，中箭牺牲。张献忠四名将孙可望、李定国、艾能奇、刘文秀在张献忠死后进驻滇黔，于四年从四川退至云南、贵州联合桂王抗清，四人先后封王。清廷派遣孔有德、耿仲明、尚可喜南下进攻残明政权。顺治九年，农民军联明抗清出现大好形势：孙可望、李定国从南宁把颠簸流离的桂王迎入驻贵州安隆。刘文秀围成都，杀清都统两人，大败吴三桂于四川，收复了四川大部分、宝庆。接着李定国打了个桂林、衡宝之役，连取沅州、靖州、武岗、桂林、柳州、梧州等地，清定南王孔有德自焚，敬谨亲王尼堪被杀。但这个大好形势被孙可望迅速破坏。十四年九月他挑起内战，以十万大军进攻李定国，被李定国打败后，投降洪承畴，清廷封为义王。乘起义军内讧机会，洪承畴、吴三桂向顺治帝建议发起总攻。十五年正月，顺治帝令清兵三路入滇：平西大将军吴三桂与李国翰一路从四川南下，征南将军卓布泰一路由广西西进，宁南靖寇大将军洛托与洪承畴一路由湖南西进。桂王政府出云南永昌，奔腾越。李定国在贵州磨盘山设伏以待清军。由于叛官卢桂生泄密，李定国大败，以残兵赴云南孟良，与桂王脱离，联络各土司反清，转战滇缅边境。因感伤恢复无望，康熙元年六月在悲伤中病死。
残明政权的反清斗争及清朝的镇压
清廷入关后，连续出现了几个与清王朝对立的残明政权：福王政权、鲁王政权、唐王政权、绍武政权和桂王政权。由于本身的问题，前四个政权，清政府没花多少时间就给解决了，后一个政权只是由于农民起义军的加入，才坚持了10多年的时间。
顺治元年五月十五日，万历进士马士英勾结江北四总兵（刘泽清、刘良佐、黄得功、高杰）拥立明神宗孙、福王朱常洵长子朱由崧，称帝南京，建元弘光，是为福王政权或弘光政权。马士英担任东阁大学士，不久升太保。他推荐崇祯时谄附大宦官魏忠贤的万历进士阮大铖为兵部尚书，该政权腐败不堪，矛盾重重。福王即位不久就下令选美。马士英、阮大铖排斥东阁的学士兼礼部尚书史可法，让他督师扬州，处处受马士英的牵制。而四总兵不出兵抗清，却相互攻击，抢夺地盘。弘光二年（1645），驻武昌总兵左良玉之兵以“清君侧”的名义南下讨伐马士英，马士英、阮大铖令刘良佐、黄得功撤离汛地，与左良玉交战，江淮门户空虚。
福王政权中除了史可法、黄得功少数将领以外，其余没有几个是真正抗清的。更有甚者，这个政权以农民起义军为敌，而认敌为友。他们派人到北京议和，幻想通过割地、纳款为手段与清朝结盟，封吴三桂为蓟国公，赐银5万两，米10万石。
二年四月，清朝豫王多铎南下江淮，围扬州，刘泽清降清。四月二十五日，史可法被执，多铎要他投降。他说：“城存与存，城亡与亡；我头可断，而志不可屈。”从容就义，不屈而死。五月初十，清军渡江，刘良佐投降，招黄得功投降，遭黄得功呵斥，黄得功被降将张天禄射中喉咙，黄得功觉得自己没有希望了，拔箭刺喉自杀。福王被俘，顺治三年死于北京。三年五月，弘光政权的礼部尚书钱谦益与大学士王铎等迎降多铎。福王东阁大学士、兵部尚书马士英在太湖被俘杀掉，阮大铖(chénɡ)在浙江降清。
弘光政权灭亡后，崇祯举人张煌言、崇祯进士钱肃乐、弘光政权的兵部尚书朱大典等拥立明太祖10世孙朱以海嗣鲁王位，监国（代行国政为监国）于绍兴。这个政权一建立，就与隆武政权搞摩擦，水火不容。鲁王划钱塘江为守。顺治二年十月，鲁王出兵攻打杭州，后败退。顺治三年二月，清贝勒博格以征南大将军，征福建、浙江。
与鲁王监国同时，明礼部尚书黄道周、都督总兵官郑芝龙与其弟郑鸿逵拥立明太祖9世孙袭唐王爵的朱聿键，监国福州，建元隆武，封郑芝龙、郑鸿逵为侯，郑芝豹、郑彩为伯。
唐王在上游地区建宁、天兴、延平、兴化和下游地区漳州、泉州、邵武、汀州各设巡抚，仙霞岭外170处驻兵把守，计划10万兵防守，10万兵攻伐。军事由郑芝龙负责。朱聿键多次催郑芝龙出兵，广有田产的郑芝龙无意抗清，总是以薪饷缺乏为由，不了了之。首辅黄道周，于隆武元年（1645）自募9千兵出征抗清，到婺源兵败被俘，翌年三月不屈被杀。顺治三年正月以定国公郑鸿逵为左先锋出兵浙江，郑芝龙从子建国公郑彩为右先锋出江西。但郑鸿逵到达闽浙交界的仙霞岭就称饷绝而不前。二月唐王御驾亲征，驻建宁。六月清兵进入渡钱塘江，占有浙江。鲁王逃脱，亡海上，四年驻舟山。六年清军攻破舟山，鲁王逃亡金门，八年放弃监国号，康熙元年病逝。
顺治三年六月，占领浙江后，清军向福建进发。郑芝龙还师，退至安平。八月，唐王去江西，二十一日起行，二十四日到顺昌，为清兵捉住，与曾妃同斩于汀州。顺治二年闰六月，清廷令洪承畴招抚江南。
隆武二年，郑芝龙暗通洪承畴，撤兵不守，清军顺顺当当地进入福建。郑芝龙降清后封同安侯。顺治十一年因招降其子郑成功不成，遣戍宁古塔。
上面说的三王，抗清并没有多少战绩，命也不长，只有桂王政权在农民军和反正将领的帮助下坚持了十五六年，有些作为。
顺治三年十一月，崇祯时户部员外郎苏观生、崇祯时礼部尚书何吾立朱聿键之弟朱聿为帝，年号绍武。刚成立就与桂王政权相攻。第二年清军破广州，为李成栋所俘，自杀。
顺治三年十月，万历进士、兵部右侍郎，唐王封为平粤伯的丁魁楚和福王政权时封右都御史的瞿式耜拥立明思宗堂弟桂王朱由榔，监国肇庆，后称帝，建元永历，这就是桂王政权。该政权是五个残明政权中力量最强，抗清时间最长的，持续了十五六年。这一方面与李自成和张献忠余部加入有极大关系，另有方面是一批降清明将领反正，例如明将李成栋于顺治二年降清，曾参与江阴、嘉定大屠杀，但于顺治五年与另一位降清将领金声桓反正。两人各有10万人。他们的反正后，永历帝便有云贵、湘桂、川赣、广东七省之地。
顺治六年正月济尔哈朗与孔有德破湘潭，弘光政权的兵部右侍郎何腾蛟被俘，不屈而死。十一月尚可喜攻克广州，孔有德破桂林。
由于清兵追击和操纵该政权的将领挟持的原因，永历帝颠沛流离，一直处于流亡状态：肇庆→梧州→平乐→桂林→全州→武岗→靖川→柳州→永州→南宁→桂林→浔州→→梧州→肇庆→梧州→安隆→昆明→永昌→藤越→缅甸。顺治六至九年，由于张献忠四大将的加入支撑，桂王政权曾一度声势浩荡。十四年由于孙可望的投降变节，政权出现危机。在清军的打击下，桂王十三年出奔缅甸。十八年吴三桂进入缅甸，逼迫缅甸将桂王交出。缅甸无法拒绝，桂王乃于康熙元年四月被绞杀于昆明。
官僚地主和知识分子的抗清斗争及清王朝的镇压
由于清王朝实行民族压迫政策，在击败农民起义军后又一个个摧毁残明政权，一部分明朝的官僚地主逐步认清清王朝的实质，从而走上了抗清道路。顺治二年下半年抗清义军纷起。这部分人除前面讲到的史可法、湖南弘光朝的兵部尚书何腾蛟外，还有嘉定左通使侯峒（tónɡ）曾、进士黄淳耀、江阴典史陈明遇、阎应元、松江进士陈子龙、闽浙永历帝的延平郡王郑成功，还有知识分子黄宗羲、顾炎武、夏完淳等。清王朝对他们残酷地予以镇压。下面三起是有名的：
顺治二年闰六月嘉定左通使侯峒曾、进士黄淳耀和江阴典史陈明遇、阎应元为抵制清朝剃发令，与嘉定和江阴全城民众抗击李成栋的清兵入城。前者死守12日，毙敌75000多人。因援绝矢尽，大雨坏城，终为所破，侯峒曾与二子指挥作战，敌不过，便相抱投水。后来朱瑛再起抗清，清军攻破，屠城三天（史称“嘉定三屠”），死者相藉，血流漂杵。后者坚守了81天，最后因粮尽弹绝，城被攻破，陈明遇被杀，阎应元不屈而死。清军对城中人“满城杀尽，然后封刀”。城内外共死17万多人。
郑成功的反清斗争是官僚地主抗清斗争中最有声势，坚持时间最久的斗争。郑成功，本名森，又名福松，字大木。唐王封他为总统使、招讨大将军。他反对其父郑芝龙降清，率部入海。顺治三年十二月初一，郑成功据南澳（广东饶平县东南海岛），大会群臣，发誓复明，奉永历帝正朔，顺治六年六月被封为延平王。郑成功分所部为72镇，并设吏、户、礼、兵、刑、工六官。而清王朝企图招降，于顺治十年六月五日封他海澄公，被拒。
顺治七年八月郑成功取厦门。十一年十二月克漳州。顺治帝剿抚并用的策略在郑成功部将中也发挥了作用。总兵黄梧和施琅先后降清。叛将黄梧献海禁之策，企图断绝沿海人民接济郑成功，让郑成功饿死、困死。从顺治十三年开始，清朝三下禁海令，严禁商民船只出海。顺治十八年“迁沿海居民，以垣为界，三十里以外，悉墟其地。”康熙三年“又遣吏部尚书伊里布，兵部尚书硕图，偕藩院将军提督复堪，令再徙内地五十里。”海禁给郑成功造成很大困难。十四年八月，郑成功克台州，后因闽安陷落，又撤回厦门。十五年，郑成功与张煌言合兵，大举北上，破瓜州，下镇江，围江宁，东南震动。清江南总督郎廷佐施缓兵之计，以投降相许，要郑成功宽限30日进攻。郎廷佐秘密向附近清军求救，清总兵梁化凤自崇明岛驰援。郑成功失去警惕，营垒疏防。清军集中兵力突击，郑军大败，十六年十月回师厦门。张煌言只身逃回浙江天台，为清兵搜捕，就义于杭州。
顺治十八年郑成功取台湾，作为抗清复明根据地。康熙二年清军克厦门、金门。二十二年施琅攻取台湾。
定三藩
“藩”本指篱笆，这里指藩王。藩王为王朝所封，驻守边疆，起保护王朝的屏障作用。清朝三藩指平西王吴三桂、靖南王耿精忠、平南王尚可喜。康熙十二年（1673），吴三桂联络耿精忠、尚可喜之子尚之信等掀起了一场长达8年的叛乱。康熙帝以其雄才大略，平定了这场叛乱，真正在关内实现统一。这场具有伟大政治意义的军事斗争世称平三藩。
吴三桂在镇压农民军和西南抗清力量后被封平西王镇守云南，尚可喜镇压抗清力量有功，封平南王，镇守广东，耿精忠袭祖父耿仲明爵，驻福建。三藩中以吴三桂力量最大。他在云南积极培植私人势力，以图世守云南。他有兵10余万，占有明代世镇云南的沐氏庄田700顷作为藩庄。此外他征关税，开矿铸钱，经商敛财。尚、耿2人也各有兵2万，也强征关税，聚敛钱财。三藩每年耗掉军饷2000余万两。他们的存在对清朝构成极大威胁。康熙帝决定撤销。
康熙十二年，尚可喜请归老辽东，留其子尚可信镇广东。康熙帝要求他们父子尽回辽东，并要撤藩。得知这一消息后，吴三桂、耿精忠也“要求”撤藩，以试探朝廷对他们的态度。康熙帝与议政王商议撤藩问题。很多人包括大学士图海、索额图等清政府重臣都说不宜撤，但户部尚书米思翰、兵部尚书明珠、刑部尚书莫洛同意撤。康熙帝认为吴三桂撤亦反，不撤亦反，决定三藩并撤。吴三桂原希望朝廷慰留他，让他效法沐氏世镇云南。没想到康熙帝下撤藩诏，大失所望，便谋反叛。当时朝廷派侍郎哲尔肯、翰林院学士傅达礼去云南催吴三桂办理撤藩，吴三桂便加快了反叛步伐。
这年十一月，吴三桂以谒永历帝朱由榔墓，与之告别为借口，挑起部众反清情绪，杀了催他离开云南回辽东的云南巡抚朱国治，发布反清檄文，自称天下都招讨兵马大元帅，以翌年为周元年。蓄发，易衣冠，旗帜尽白。他致书二藩、郑经与贵州、四川、湖广、陕西诸将吏，要他们响应。十二月吴三桂出兵贵阳，贵州提督李本深投降。吴三桂派马宝率军由贵州入湖广，派王屏藩进攻四川，窥视陕西。十三年正月，吴三桂称周王，改元利用，遣部将杨宝应破常德，夏国相破澧州，胡国柱破衡州，吴应麒破岳州。在吴三桂影响下，总兵、提督纷纷从叛，除李本深外还有云南提督张柱国、四川总兵谭弘、吴之茂、提督郑蛟麟、巡抚罗森，湖北襄阳总兵杨来嘉、河北总兵蔡禄、广东潮州总兵刘进忠。十三年，陕西提督王辅臣杀经略莫洛在宁羌反，并于十四年攻陷兰州、延安与绥德。耿精忠于十三年三月据福建反，囚禁福建总督范承谟，到十三年年底，已经占据浙、赣30多个城市。郑经派大将刘国轩率师进攻闽粤沿海潮州、漳州和泉州，并打到惠州府。十五年尚之信在广东叛变，囚禁忠于朝廷的父亲尚可喜。孝庄皇后养女孔四贞之夫抚蛮将军孙延龄也于十三年二月叛应吴三桂，杀都统王永年，幽禁巡抚马雄。一时间，中原、西南、东南反清甚嚣尘上。然而，当吴三桂占据湖南后便不再渡江，却派遣夏国相进犯江西以与耿精忠相合。他攻陷萍乡、上高、新昌等地。另一路是从岳州分出部分精锐，与杨来嘉一起进犯陕西，以与王辅臣相合。然而，由于清军的阻击，这个西进计划未能实现。
康熙十四年三月，蒙古察哈尔部亲王布尔尼也乘机兴兵作乱，对京师造成威胁。这支叛军为信郡王鄂札和都统大学士图海所败。
吴三桂叛变的消息首先于十二年十二月二十一日为差往贵州的党务礼、萨穆哈驰驿到京所报告。原来反对撤藩的索额图要求主张撤藩的官员正以国法。当时年仅20岁的康熙帝承担责任，坚决地说：“此出自朕意，他人何罪？”
对于吴三桂的叛变，康熙帝采取坚决打击的政策。他采取分化剿抚并用策略。他下令停撤广东、福建两藩，把打击的主要对象放在吴三桂方面。他削了吴三桂的官职，又将留在京城的吴三桂儿子吴应熊投入监狱。十三年四月读了由哲尔肯、傅达礼带回的吴三桂要求划江而治的奏章，康熙帝大怒，杀了吴应熊及其儿子吴世霖。水来土掩，兵来将挡，康熙帝向叛乱的地方和对平叛有战略意义的地方一一派出将领（主要是八旗将领）率军前往：十二年十二月令孙延龄为抚蛮将军，线国安为都统镇守广西，前锋统领硕岱扼守咽喉要地荆州，还派多罗郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军赶赴荆州，以扼制叛军北上，派都统赫业为安西将军、西安将军瓦尔喀赴四川，扼守汉中，护军统领胡礼布为副将军，率署前锋统领穆占、副都统颜布跟随入川，令副都统马哈达驻守兖州。十三年正月，令总兵徐治都守夷陵，隆禧为镇西将军守西安，令都统巴尔布率军加强荆州守备，令都统朱满率兵守岳州，将军尼雅翰到安庆。三月清廷令安南将军额驸华善守京口，定南将军希尔根驰援江西，平寇将军根特巴鲁赴援广东。四月，以根特为平寇将军赴广西讨伐孙延龄，调西安副都统德业立守襄阳。扬威将军阿密达镇守江宁，平南将军赖塔率师赴杭州，令阿密达袭诛蔡禄。六月贝勒尚善为安远大将军率师赴岳州，康亲王杰书为奉命大将军赴浙江。九月，广西提督马雄叛变，令安亲王岳乐为定远大将军率师赴广东。康熙帝还令南怀仁赶造火炮以攻叛军。南怀仁赶造的火炮后来在进攻萍乡夏国相的叛军时发挥了作用。
康熙帝运筹帷幄之中，决胜千里之外，一系列精心的布置逐步收到效果。
浙赣福建方面。十三年三月耿精忠自福建将兵马分为三路：总兵白显忠进攻江西，总兵曾养性攻击浙江，都统马九玉从仙霞岭进攻金华、衢州。七月浙江总督李之芳协同赖塔，率满洲兵、绿营兵与乡勇败曾养性于金华、常山、石梁，收复义乌、汤溪、寿昌、淳安、东阳、嵊县。十四年正月，杰书在浙江打败耿精忠，收复永康、缙云。十二月，杰书大败曾养性于衢州与台州。十五年七月，赖塔大败马玉九、林福于衢州，又败之于仙霞关，进入福建。十四年上半年希尔根、岳乐在江西联合作战，收复龙泉、西塘、宁州、建昌、永新、庐陵。十五年二月，吴三桂派遣高大杰、韩大任袭占军事重镇吉安。岳乐力复萍乡。十六年三月简亲王奉康熙帝令围攻吉安，高大杰病死，韩大任投降。福建方面。八月，根据李之芳建言，杰书攻占具有战略意义的仙霞岭，马九玉投降。九月清军收复建宁、延平。马、白已先后投降，十月耿精忠只好投降。曾养性后来也投了降。十六年，郑经军在兴化、泉州一带为清军击败，退出漳州。十九年郑军退回台湾，清军复取厦门、海澄、金门。浙江、江西、福建于是平定。
川陕甘方面。王辅臣叛乱后，康熙帝依甘肃巡抚华善之请，授予提督张勇靖逆将军，并予以便宜行事权。张勇麾下有西宁总兵王进宝、甘肃总兵孙思克、宁夏总兵陈福。陈福在宁夏兵变中被杀，张勇疏荐天津总兵赵良栋任宁夏提督。十五年二月，图海被任命为抚远大将军平定王辅臣的叛乱。三月，吴三桂派王屏藩、吴之茂从四川北上，声援王辅臣，为张勇、王进宝与振武将军佛尼埒击败。四月围困兰州，五月，图海在王进宝与凉州提督孙思克协助下败王辅臣于平凉城虎山墩，康熙帝给王辅臣发去招降谕旨，王辅臣接受招抚投降（诏复其官，授靖寇将军。接进京令后自杀）。六月守将赵士升投降。张勇复河、洮二州。十五年，赵良栋与王进宝分兵平定了秦州西和、礼县。十八年十月，赵良栋克徽县，进而克略阳、阳平关、沔县。十九年复成都，以功擢云贵总督，加兵部尚书。十五年擢为陕西提督的王进宝于十九年收复凤县、两当，复汉中地，十九年克保宁。王屏藩自缢，吴之茂与部将共17人被擒而杀之。昭化、剑州、苍溪、蓬州、广安、合州、西充、岳池皆定。
两广方面。十三年二月孙延龄叛应吴三桂，广西提督马雄初不从叛，后来也叛。广西巡抚傅宏烈为图恢复，阳受吴三桂伪职。他曾劝说孙延龄反正，并于交址界募义兵5000人，克桂林、玉林、梧州、昭平、浔州千余里。十八年正月，他与镇南将军莽依图率军在南宁彻底击溃吴军。十九年二月后为马雄子马承荫军欺骗被执，送往吴世璠处殉难。十六年十月孙延龄夫妇打算降清，为吴世琮所杀。十三年十一月，尚可喜次子尚之孝率军进入潮州，击败刘进忠，克潮州、海澄。尚之信得不到吴三桂信任，康熙帝令对他劝降。十五年十二月尚之信投降。康熙帝令复其爵位，随大军讨伐叛军。
湖南方面。吴三桂打到长江南岸松滋后不马上北上，停留了3个月，为的是等康熙帝对他隔江而治建议的答复。这是他的最大失策，给了康熙帝调兵遣将时间。八旗军到达荆州不敢过江与吴军作战。吴三桂兵力主要集中在岳州，但由于大批人马调往江西以联合耿精忠，又有部分调往西北以与王辅臣相合，岳州、长沙比较空虚。十五年三月，岳乐进攻长沙，尚善进攻岳州。经过激战，两军形成对峙。十六年征南将军穆占征讨湖南，与岳乐猛攻长沙。十七年初清军占领湖南东南数县。越来越感到困难的吴三桂欲以称帝振奋叛军。于是三月草草成礼，称帝衡州，国号为周，大封群臣。然而八月即去世。孙吴世璠即帝位，改元洪化，迁往贵阳。七月吴军猛攻永兴，八月因吴三桂之死而撤走。十七年闰三月，吴水军将领林兴珠反正。他献策断掉吴应麒的粮道之策，十八年正月，清军收复岳州，接着收复长沙，二月收复衡州。十九年三月，吴应麒、胡柱国从辰州逃往贵阳。
二十年，清兵分别由贝子彰泰、赖塔、赵良栋统领，由粤、湘、蜀进攻吴三桂老巢——云南，二月吴世璠自杀，函首入京，吴三桂被掘坟析骨。长达8年之久的三藩之乱终于结束。
平定三藩过程中，以前驰骋沙场一往无前的八旗兵已现出畏葸不前的暮气。图海、赖塔、穆占这些八旗将领还能敢打敢拼，战绩突出，而勒尔锦、尚善、喇布则畏敌如虎。勒尔锦、尚善抵达荆州三年都不敢过江，仅作壁上观。勒尔锦被革去郡王，羁禁，尚善革去贝勒，喇布统兵数万，竟多次败于仅有4000兵的高大节，被召还京师。相反，绿营却表现出勇猛顽强的气势。康熙帝及时地鼓舞绿营。康熙十五年五月，令兵部查明功次，及时议叙。起巨大作用的绿营将领除西北的张勇、赵良栋外，湖北地区的有蔡毓荣、万正色、徐治都，浙江有施琅、姚启圣、吴兴祚，广西有傅弘烈等。绿营共有40万投入战斗，在关键时刻起了作用。攻打云贵时，“绿营步兵居前，旗兵继之，所向皆捷”。
三藩平定巩固了清朝对全国的统治，为尔后开展行政和财政改革，驱逐沙俄在黑龙江的侵略势力，解决西北边疆问题，开拓疆土奠定了基础。
施琅取台湾
康熙二十二年（1683）康熙帝以施琅为水师提督，攻取台湾，完成了台湾与大陆之间的政治统一大业。
施琅（1621-1696）福建晋江人。初为明总兵郑芝龙左冲锋，顺治三年降清。郑成功招施琅不至，郑成功将他父亲、弟弟及子侄都给杀了。
台湾自古是中国土地，明末为荷兰殖民主义者霸占。为了建立抗清复明根据地，顺治十八年三月郑成功进攻台湾，赶走荷兰殖民主义者，收复了台湾。康熙元年五月，郑成功病逝。郑成功死前，长子郑经在厦门，与乳母通，产下一子，郑成功知道后很生气，令人把郑经杀了，诸将保护郑经没杀。台湾黄昭、萧拱宸伪造郑成功遗诏拥立郑经弟郑世袭为护理国事。讣至厦门，郑经承袭“延平王”爵位。他以全斌为右军都督，陈永华为谘议参军，冯锡范为侍卫，准备东渡台湾（讨伐郑世袭等人）。这时清靖南王耿继茂、闽浙总督李率泰派人来劝降。郑经表示愿效法朝鲜，做属国，进贡。清朝方面当然不同意。冬十月，郑经赴台，捕获郑世袭、黄昭、萧拱宸等人。
陈永华善治国，在他的辅佐下郑经铲除荷兰在台湾的殖民主义势力，开展经济文化建设，大力垦殖，种蔗制糖，又与英国、菲律宾群岛开展贸易。
十七年十月，金门、厦门为耿继茂、李率泰与施琅、黄梧所取。清军“堕两城，弃其地，收宝货妇女而还”。金门、厦门失守后郑经加强了澎湖的防卫，在妈宫港建垒，筑炮台。十八年荷兰将领波尔德与清军合攻台湾，因台湾固守，率舟北上，到普陀山，遇飓风覆没。
从十九年起，施琅就开始疏请攻台。掌管台湾军事的大将刘国轩知道施琅意图，在澎湖沿岸筑短墙，置腰铳，建起壁垒（围墙）二十多里。此时三藩尚未平定，康熙帝当然还不能马上实施这一方案。二十年正月郑经病死，十月三藩平定，郑经死后，台湾内讧。本来在郑经应吴三桂约出兵闽粤期间，台湾政事委任于长子郑克。郑克贤明，有治才。7年后郑经回到台湾也还是由郑克管理政事。郑经死后应该由他主政。但部将刘国轩、冯锡范擅权，杀了郑克，而立只有12岁的郑经幼子郑克塽。这时，解决台湾问题提到康熙的议事日程。二十年七月，康熙以施琅为水师提督。福建总督姚启圣对于攻台也很积极。施琅似乎更积极。到二十一年十月，他先后四次请求专征。议政大臣会议支持他，大学士明珠支持他，康熙帝也答应了他的请求，并指示施琅相机进剿。此外康熙要求姚启圣在钱粮方面大力支持。十一月姚启圣给施琅解到银9万两，另外提供了25000两用于奖赏。
六月的澎湖风急浪高，不是用兵时候，但施琅就是要打个敌人意料之外的仗。二十二年六月早晨，施琅率领2万余水军，二百三十只船集结铜山。蓝理自告奋勇充当前锋。次日申时（下午三时到五时）施琅率军乘风破浪抵达澎湖西南的猫屿和花屿海面，即取八罩屿与锚泊地。刘国轩以为他已在澎湖沿岸设了那么坚固的防御工事，现在又是八罩屿大风大浪季节，施琅无论如何也不可能在八罩屿停舟。郑军将领要求乘清军立足未稳的时候先发制人，刘国轩不同意。他要以逸待劳，不战而收全功。
十六日施琅率军进攻澎湖。蓝理率领7条舰船冲入敌阵。大风冲散了蓝理船只，郑军舰船合围过来。施琅指挥舰船救援。流铳射中施琅眼睛，仆倒。蓝理去救，腹被大炮打中，肠都出来了。郑军将领曾瑞大喊：“蓝理死矣！”蓝理扶着弟弟起身，大呼：“蓝理在，曾瑞死矣！”众皆感奋，奋勇向前。郑军将领林升身中三箭，郑军混乱。施琅引军而还。施琅奖励蓝理2000两。
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