十六日，金陵官军治地道成，轰陷城垣二十余丈。公弟国荃督领将弁冲杀入城，围攻伪宫城。即日由驿八百里驰报金陵克复大概情形。是夜攻克内城，搜杀三日夜。十九日，擒贼酋李秀成、洪仁达。贼党死者十余万人。公闻捷后，喜极而悲者，良久乃已。
二十三日，会衔由驿六百里加紧驰奏克复金陵全股悍贼尽数残灭详细情形一折。奏称：金陵一军，围攻二载有奇，前后死于疾疫者万余人，死于战阵者八、九千人，令人悲涕，不堪同首！臣等忝窃兵符，邀逢际会，既恸我文宗不及目者献馘告成之日，又念生灵涂炭，为时过久。惟当始终慎勉，扫荡余匪，以苏子遗之困，而分宵旰之忧。此次应恤应人员，另缮清单，吁恳恩施。
二十四日，公由安庆登舟，由火轮船驶赴下游，泊采石矶。二十五日，抵金陵大营，见诸将领慰劳之，亲讯贼酋李秀成，札委员弁访求咸丰三年城陷时殉难员绅遣骨。
二十六日，奉到上谕：杨岳斌、彭玉麟、曾国荃驰奏克复金陵大概情形一折。逆首洪秀全等以数十万逆众，久据金陵，负隅死守。曾国荃等督兵围城，所部不满五万，两载以来，将城外贼垒悉数扫荡。兹复于炎风烈日之中，伤亡枕籍之余，并力猛攻，克拔坚城，非曾国藩调度有方，曾国荃及各将士踊跃用命，不能建此奇勋，披览之余，曷胜欣慰！此次立功君臣，将伪城攻破，巨憝就擒，即行渥沛恩施，同膺懋赏。饮此。”
二十七日，公巡视金陵城坦地道攻入之处，按行城外各军营垒。
二十八日，军士得洪秀全逆尸，舁之江干，公亲验而焚之。
二十九日，奉上谕：“本日官文与国藩由六百里加紧红旗奏捷克复江宁省城一折。览奏之余，实与天下臣民同深嘉悦！此次洪逆倡乱粤西，于今十有五年。窃踞江宁，亦十二年，蹂躏十数省，沦陷数百城，卒能次第荡平，殄除元恶，该领兵大臣等，栉风沐雨，艰苦备尝，允宜特沛殊恩，用酬劳勋。钦差大臣、协办大学士、两江总督曾国藩，自咸丰三年在湖南首倡围练，创立舟师，与塔齐布、罗泽南等屡建殊功，保全湖南郡县，克复武汉等城，肃清江西全境。东征以来，由宿松克潜山、太湖，进驻祁门，迭复徽州郡县，遂拔安庆省城，以为根本，分檄水陆将士，规复下游州郡。兹幸大功告蒇，逆首诛锄！实由该大臣良策无遗，谋勇兼备，知人善任，调度得宜！曾国藩着加恩赏加太子太保衔，锡封一等侯爵，世袭罔替，并赏戴双眼花翎。浙江巡抚曾国荃，以诸生从戎，随同曾国藩剿贼数省，功绩颇著。咸丰十年由湘募勇，克复安庆省城；同治元、二年，连克巢县、含山、和州等处，率水陆各营进逼金陵，驻扎雨花台攻拔伪城，贼众围营，苦守数月，奋力击退；本年正月，克钟山石垒，遂合江宁之围，督率将士鏖战，开挖地道，躬胃矢石，半月之久、未经撤队。克复全城，殄除首恶！实属坚忍耐劳，公忠体国。曾国荃着赏加太子少保衔，锡封一等伯爵，并赏戴双眼花翎等因。钦此。”其同案奉旨锡封者：提督李臣典一等子爵，萧孚泗一等男爵，均赏戴双眼花翎；提督黄翼升、张诗日等，总兵朱洪章、熊登武等，按察使刘连捷等，凡百二十余员，均奉旨奖叙！其阵亡总兵郭鹏程、王绍羲，副将陈万胜等十六员，奉旨优恤。皆公前疏所请也。
同日，又奉上谕：“粤逆久踞江宁，负隅抗拒，实为从来未有之悍寇。此次水陆各军于溽暑炎蒸之际，猛力环攻，迅克坚城，悍党悉除，渠魁就缚，非曾国藩运筹决策督率有方，曾国荃等躬冒矢石鼓勇先登，未由建此奇功，成乃丕绩！朝廷嘉悦之怀，实难尽述。除曾国藩等已加恩锡封外，其出力员弁兵勇，并着查明保奏，候旨施恩。发去银牌四百面，着曾国藩、曾国荃等择其功绩最著者，先行颁给，以励戎行。钦此。”
同日，又奉旨赏赍东南各路统兵大帅及封疆大臣，普加异数。钦差大臣僧王、官文公、李公鸿章、杨公缶斌、彭公玉麟、骆公秉章、鲍公超等各有差。左公宗棠、沈公葆桢等有待也。
是月，左公宗棠克孝丰县城。
萧公孚泗闻讣丁忧。
七月初一日，阅视金陵城北伪城、伪垒及官军所开地道之处，派委员庞际云、知府李鸿裔，会讯李秀成，令其自书供词，前后凡四万余字。
初二日，李忠壮公臣典卒于军。金陵之克以李公为战功之首，公弟国荃恸惜之。
初四日，周视金陵城垣，委员修筑，定议裁撤湘勇，设善后局，抚恤难民。
鲍公超击贼于抚州许湾，大破之，杀贼四万人，贼大溃。
初六日，公亲讯贼供，诛李秀成、洪仁达、洪仁发三名。
初七日，驰折奏：洪秀全、李秀成二贼酋分别处治，伪幼主洪福瑱查无实在下落。李秀成供词谨抄送军机处，以备查考。历年以来，中外纷传逆贼之富，金银如海，乃克复老剿，而全无货财，实出意计之外。目下筹办善后事宜，需银甚急，为款甚巨，如抚恤灾民，修理城垣，驻防满营，皆善后之大端。其余百绪繁兴，左支右绌，欣喜之余，翻增焦灼！
金陵之克，贼所造宫殿行馆，皆为官军所毁。公乃于水西门内择房屋稍完者，委员葺治，以为衙署。幼逆洪福瑱遁走广德，贼党争迎之。
初十日，公设酒于城内，宴犒诸将领。
十一日，鲍公超收复东乡、金溪两县城。十二日，江忠朝等克复崇仁、宜黄两县城，江西东路贼势稍衰。
十三日，公札撤湘勇二万五千人，留万人防守金陵，留万五千人，派委刘连捷、朱洪章、朱南桂等领之，以为皖南北游击之师。咨湖北、湖南督抚筹拨撤勇欠饷。
十六日，专折奏谢天恩，锡封侯爵，并赍所获伪金、玉印三方，咨送军机处。
十七日，巡视江南贡院，委员修葺。出示晓谕士民复业，核定金陵房产章程。凡八条。
二十日，驰折奏福建陆路提督萧孚泗闻讣丁忧，请开缺回籍。又折奏一等子爵李臣典病故请恤，并将李臣典战功开列清单，录呈御览，请于江西之吉安府及安庆、金陵建立专祠。附片奏李秀成业经正法，未及槛送京师；洪秀全戮尸焚化，未及传首各省。又片奏保金陵各军将领熊登武、朱南桂、张诗日、伍维寿、朱洪章皆有独当一路之才，请次第简放提镇实缺。现守宁国之总兵刘松山，足以独当一面，亦后起之将材也。又片奏近岁以来，但见增勇，不见裁撤，无论食何省之饷，所吸者皆斯民之脂膏，所损者皆国家之元气。前此贼氛方盛，不得已而增募，以救一时之急。今幸大局粗定，因与臣弟国荃商定，将金陵全军裁撤其半；镇江冯子材之兵，全行裁撤；扬州富明阿一军，暂难遽撤。军兴日久，各有厌若兵间之意，但使欠饷有着，当不至别生枝节。并陈明曾国荃克城之后，困惫病状，姑在金陵调养，料理善后。“臣即日回安庆一次，布置上游军事。江西军事得手，即由杨岳斌主稿会奏。”
公拜折后，登舟上溯。二十五日，舟泊铜陵夹，咨广东督抚停止厘金，还归本省经收。札委钱鼎铭、丁日昌等办上海捐输，分拨淞泸厘金，以济军饷。
鲍公超军克复南丰县，续克新城县，招降数万人。贼党南窜，南、赣、宁都三郡戒严，浸及闽粤之境矣。
二十七日，李公鸿章、左公宗棠会克湖州府城。
二十八日，公舟抵安庆。
二十九日，驰折奏广东厘金一款：两年以来，深资馈运，私衷耿耿，如负重疚！请旨饬下广东督抚，截至本年八月止，毋庸再解。并请照一百二十万两之数，加广该省乡试文武永远中额四名，以彰粤人急公之义。附片奏称：湘勇召募之初，选择乡里农民，有业者多，无根者少，但使欠饷有着，当可安静回籍。昨奉谕旨，有挑补额兵一条，恐湖南之民，必不愿补三江录营之额，臣以为勇则遗回原籍，兵则另募土著，各返本而复始，庶经久而可行。至寄谕饬查洪福瑱实在下落，应俟查明续奏。又片奏补送李秀成供词。又片奏报军情：江西兵威大振，无须添派援军；所虑者皖南之广德，皖北之英、霍，现在陈国瑞进剿麻城，英翰进扎商城，蒋凝学进扎英山，李榕调防桐城，布置尚密，但无大枝劲旅痛加剿洗耳。
是日，具折奏结周汝筠、石昌猷一案。
左公宗棠克安吉县城。浙江全省皆平。李公鸿章派刘铭传一军克复广德州城。贼党挟洪福瑱遁走宁国山中。
是月，僧王由豫入楚，击剿发、埝各匪，破之。
八月初一日，湖州、广德之贼窜徽州南境，刘松山截击，破之。
初三日，左公宗棠截击窜贼于昌化、淳安之境，大破之，斩贼目黄文金。
初七日，唐义训、易开俊截击窜贼于歙县南境，破之。初九日，易开俊击贼，大破之。
十三日，驰奏钦奉谕旨分条复陈一折：其一，江宁省城，贼踞最久，居民流亡，尚未复业，委记名桌臬黄润昌赶紧兴修贡院，庶冀土子云集，商民亦可渐归。其一，驻防旗营，俟贡院工竣，以次修理。旗兵现存八百余人，俟营房粗定，再议挑补足额。其一，苏皖两省疆與跨越江淮，据御史陈廷经陈请变通画江分省。臣以为军事、吏事之兴废，视疆吏之贤否，不必轻改成宪。其一，杨岳斌应赴陕西新任，江西军务，应令鲍超专顾北路，刘典、席宝田、王文瑞、江忠朝等分剿南路，不必另派督办大员。其一，皖北吃紧，飞催刘连捷等渡江防剿。凡五条。附片奏委道员庞际云署江宁盐巡道缺，仍饬办善后局。又具折奏保克复金陵陆军出力员弁，开单请奖。阵亡、伤亡、病故员弁五百一名，开单请恤。附片奏称：臣自任两江督师，东征数年，奏保积至二十二案之多，军务倥偬，未及按名注考。恳敕部将臣军保案，均照原单一体注册。又附片密奏：大功粗立，臣兄弟及前后文武各员均叨窃殊恩异数，追思昔年患难与共之人，其存者，如李元度一员，独抱向隅之感；其没者，如江忠源、何桂珍、刘腾鸿、毕金科四人，皆有私衷抱疚之端。谨略陈一二，恳请恩旨。
十四日，易开俊击窜贼，破之。十六日，唐义训、金国琛击窜贼，破之。余匪挟洪福瑱窜入江西广信之境。浙江官军追击之。
十七日，专折进呈安徽全省地图，并《长江图说》，奏称：知府刘翰清、县丞方骏谟淹雅详慎，臣派委该二员细查详绘，装成全册，恭呈御览。
贼围扑英山县，蒋凝学固守击贼，破之。刘连捷、朱洪章、朱南桂领湘勇万余人渡江而北。公调派湘勇由桐城进剿英山，调派李榕、王司升、何绍彩等军八千人，由六安进援霍山。
二十七日，驰折代奏：臣弟国荃病势日增，请开缺回籍调理。又折奏湖州、广德败贼并犯歙南，官军截剿屡胜，阵亡参将唐远请恤。附片奏：长江水师新定规模，应责成彭玉麟周历巡察，区画一切。其安庆善后事宜，札饬藩司马新贻、臬司何璟、总兵喻吉三会同妥办。又片奏报江西、皖北军情，调军剿办，并报定期起程，驻扎江宁旧治。又奏截停淮北饷盐规复票盐旧制一折。
是月，杨公岳斌赴赣州督师防剿，王文瑞克复雩都县城。
九月初一日，公由安庆登舟启行赴金陵。
初八日，舟抵金陵，黄公润昌监修贡院工毕。初九日，公入城，阅视贡院工程。初十日，入居署中。
核定安徽全省丁漕征收章程。是日，奉到上谕：“曾国藩督兵数载，克复江宁省城，伟绩丰功，朝廷甚资倚畀。第栉风沐雨，辛若备尝，致病势日见增剧。若不俯如所请，不足以示体恤！已明降谕旨，准曾国荃开缺回籍，并发去人参六两，以资调理。该抚其安心静摄，善自保卫，一俟病就痊愈，即行来京陛见，以备倚任。所有江宁善后事宜，即着曾国藩驰往江宁，斟酌机宜，妥筹办理。钦此。”
同日，奉到上谕：“浙江巡抚着马新贻补授。英翰着补授安徽布政使。安徽按察使着何景补授。钦此。”
十一日，驰折奏江南贡院修建工竣，已通饬各属，出示晓谕，定于十一月举行乡试。两江人士闻风鼓舞，流亡旋归，商贾云集，请旨简放考官。附片奏：札饬江西藩司赶办江南朱墨卷各一万八千套，定期解赴金陵。又片奏札调藩司万启琛同驻江宁，运司忠廉由泰州移驻扬州。
湖北发、捻大股围英山城。蒋凝学坚守，贼退。其一股趋太湖。刘连捷等军至太湖，贼均退回湖北蕲水、罗田之境。公札调朱南桂、朱洪章二军驻宿松、太湖，刘连捷一军驻安庆。
二十日，公弟国荃奉旨诣明孝陵致祭。
江西、浙江官军会击窜贼于广信府境，大破之。洪福瑱遁走石城。江西东境肃清。
二十五日，席宝田军追擒幼逆洪福瑱，送南昌，斩之！
二十六日，设发审局。
二十七日，驰折奏报官军驱贼出境，全皖肃清。随折奏保易开俊、唐义训、刘松山、金国琛四员。又具折奏续保彭玉麟水军、王可升陆军、青阳、溧水、高淳、东坝各案出力员弁，开单请奖。又奏续保江忠义、席宝田两军青阳案内出力员弁，开单请奖。是日，又具折奏称：安徽界连楚北，自楚师入境，叠复郡邑，按亩捐钱，支应兵差，百姓苦之。安庆克后，停止亩捐，改办抵征。现在札饬一律开办丁漕，所有从前收过抵征项下，应专案作正报销。
二十八日，札派乡试内外官员。
是月，鲍公超击贼于宁都州城外，大破之。州城解围。贼溃窜闽粤境。江西全省皆平。左公宗棠奉旨锡封一等伯爵，鲍公超一等子爵。杨公岳斌由赣州回南昌省城，奏请回湘增募陆勇赴甘肃剿办。
贼之窜广东者，攻扑南雄州；其窜闽者陷武平县城。张忠毅公运兰死之。贼遂遍扰汀州属境，陷漳州府城而踞之。
湖北发、捻大股围扑蕲水官军营盘，石威毅公清吉阵亡。
十月初一日，公弟国荃登舟回湘，公送之至采石矶乃还。初四日，公还署。
初五日，专折奏谢弟国荃开缺恩旨，又奏谢弟国华、贞干各加赏恩。
初七日，考试督署书吏。
李公鸿章委员解到上海协饷银十七万两，支发江皖各路湘军欠饷。公定议撤遣湘勇，什去八九。
十二日，具折代奏提督鲍超请假六个月，驰回四川本籍，亲营葬事，兼养伤病，令其部将宋国永、娄云庆分领霆营之众。附片奏金陵遣撤勇丁，先后回籍，沿途安帖。并报皖鄂军情，檄调刘连捷等军赴鄂援剿；调易开俊一军渡江，而北与李榕、王可升等为后路策应之师。又奏采访忠义第十九案。附片奏：安庆通判达凌阿在寿州殉难请恤，苏州从九品蒋映杓、训导梅振镳请恤，并其家属十一人。
十三日，奉上谕：“现在江宁已臻底平，军务业经蒇事，即着曾国藩酌带所部，前赴皖鄂交界督兵剿贼，务期迅速前进，勿少延缓。李鸿章前赴江宁，暂署总督篆务。江苏巡抚着吴棠暂行署理。钦此。”
十七日，李公鸿章到金陵见公。公与商裁退楚军，进用淮勇。檄调刘铭传、李鸿章等引淮军渡江而北，上援皖鄂。
十九日，奉上谕：“曾国藩奏提督鲍超遵奉前旨请假葬亲一折。已明降谕旨，赏假两月，回籍经理葬事矣。现在甘肃军务未蒇，新疆回匪日益蔓延，非得勇略出群如鲍超者前往剿办，恐难壁垒一新。着曾国藩传旨鲍超，令其俟假期一满，即行由川起程，出关剿办回匪。其旧部兵勇及得力将弁，准其酌量奏调，随带同行。从前回疆用兵，杨遇春即系川省土著，立功边域，彪炳旂常。鲍超务当督率诸军，肃清西陲，威扬万里，以与前贤后先辉映。该提督忠勇性成，接奉此旨，必即遵行，以副朝廷委任。钦此。”
二十二日，奏遵旨驰赴皖鄂交界督兵剿贼一折。奏称：臣用兵十载，未尝亲临前敌，自揣临阵指挥，非其所长。此次拟仍驻扎安庆、六安等处，派刘连捷等入鄂，听候官文调遣。檄调淮勇两军随臣西上，更资得力。附片：沥陈才竭力蹶，难胜重任。楚军出征过久，渐成强弩之末，不如淮勇之方锐。一俟皖鄂肃清，即请开各缺，调理病躯，仍当效力行间，料理经手事件。如军饷之报销，撤勇之欠饷，安置降将部众，区画长汇水师营汛，皆分内应了之事也！又折奏请于江宁省城，建立昭忠祠，汇祀湘军阵亡病故将士。附片奏广东、江西厘金全归本省经收，唯留饶州、景德镇厘金之半，拨解祁门粮台，以充皖南五军之饷。
二十五日，作《修治金陵城垣缺口碑记》一篇，立石于龙膊子山下官军攻入之处。
二十七日，奏报淮南征收盐课第一案。
是月，僧王军击贼，大破之。官文公、乔公松年调派各军防剿，招抚数万人，余贼窜德安。
广东贼陷嘉应州城、大捕县城，与闽省汀、漳之贼延扰凡数百里。左公宗棠移驻衢州，调派刘典等军分道入闽进剿。钦命刘琨典试江南，以平步青副之。
十一月初一日，委员择地修建昭忠祠、靖毅公祠。设工程局委员监督工役，次第修复学宫及群祀祠宇。
初三日，交卸总督关防。
初五日，奉到上谕：“皖省一律肃清，楚境余贼由黄、孝窜德安一带，逆数无多，楚军可敷剿办。曾国藩无庸前赴安庆，亦无须交卸督篆，仍驻扎金陵，妥筹调度。李鸿章现在入围监临，俟出围后，仍回江苏巡抚本任。钦此。”
初六日，诣贡院迎主考官入闱。
初八日，得前总督陆公建瀛遗骸，改棺重殓，公出城吊而祭之。
初十日，作《家训四条》。
十七日，李公鸿章派弁送远总督关防，公接印回任。
十八日，驰折奏交卸督篆遵旨仍回本任日期。奏称：鄂、豫、皖三省，均捻匪往来熟径，刘连捷等军宜以黄州上巴河为老营，派吴坤修料理营务；刘铭传等军宜以三河尖固始为老营，派李鹤章料理营务。又折奏续保克复金陵水陆各军随营筹饷各员弁，汇单请奖。又片奏请敕部添铸淮扬镇总兵新印，颁发来营。又片奏国子监典籍钱继文，前在金陵殉难请恤。
二十二日，会考江南拔贡、优贡。
十二月初三日，马公新贻过金陵见公。旋赴浙江任。
初六日，李公鸿章还苏州。
十三日，奏叠奉谕旨分条复陈一折：其一，前明孝陵勘估工程，目下无此巨款，应稍绥筹办。其一，李秀成供词，前有删节之处，补钞进呈。其一，张国庆忠骸，访求未得。其一，江北粮台，每月收银不过五万两。酌解甘省及留供皖军之数。其一，池州知府范先谟调省察看。凡五条。附片奏保四品京堂胡大任请旨简用。又片奏云南迤东道黄冕请开缺。又片奏知府范泰亨、主事柯铖均在营积劳病故，请恤。是日，又奏复御史刘毓楠条陈淮北盐务一折，附请展缓江南武乡试一片。
十五日，乡试揭晓，公入闱钤榜，取士二百七十三名。
二十八日，奏叠奉谕旨分条复陈一折。其一，剿办捻匪，宜用淮勇，人地相宜，淮军所用火哭，须由水路运送河南，以周家口为都会。其一，西路军务，宜先清甘肃，次及关外，楚勇离甘太远，不如川勇较近，宜用川北保宁、龙安两府之人，与甘肃风气不甚相远，臣处饷项奇绌，不能协济鲍军。其一，楚勇必须多撤，金陵守兵已裁去七千人，朱品隆、唐义训、刘连捷等军应即先撤，庶腾出有用之饷，以济西征之师。凡三条。附片奏复陈何桂珍、刘腾鸿、毕金科三员忠绩，请赐谥以表示来兹。是日，又具折奏请蠲免安徽州县钱粮杂税，并将各州县克复年月、被扰轻重，分别开单呈览。附片奏：金坛、溧阳、丹阳、宜兴、荆溪五县被贼蹂躏最甚，请豁免两年钱漕。又片奏递进江南乡试题名录。
是冬，捻匪由湖北襄阳窜扰河南之境，僧王督师追击，连获胜仗，而贼势飚忽不可制。
福建之贼踞漳州，左公宗棠督师入闽攻剿。
曾文正公年谱卷十
「乙丑」同治四年，公五十五岁
正月，金陵昭忠祠成。初十日，公率僚属致祭。
十四日，具折奏两淮运使忠廉因病出缺，拣委道员李宗羲署理，请旨简放！附片奏：江南乡试新中举人来江宁请咨者，随时通融，缮给咨文，以凭迅速起程会试，请敕礼部查照。又片奏寿春镇总兵易开俊调援皖北就近赴任。又奏采访忠义第二十案。附片奏：石埭县训导朱彦升请恤，并其家属二十人。
二十日，设粥厂，令湘勇煮粥，以食饥民。
二十一日，拜折专奏恭谢年终恩赏。又奏循例密陈文武考语一折，三省学政声名一片。又奏采访忠义第二十一案。
二月初三日，作《江忠烈公神道碑》。初八日，通饬委员籴买积谷以备荒。
十四日，具折奏易开俊、刘松山，两军坚守宁国、泾县出力员弁，开单请奖，并陈明应保之案，久未奏保，自请交部议处。又汇案奏参藐法滋事之将弁江发云等，请革职认办。又折奏上年奉拨轮船经费银五十一万余两，全数解清，汇人军饷案内报部。
二十日，核定收养贫民章程，议挑补绿营弁兵章程。
二十三日，前云贵总督潘忠毅公铎之柩自云南迁葬，过金陵，公遣弁护送回籍。
二十七日，专折奏营中欠饷，遵照部议新章，发给饷票，准照实银报捐请奖。又奏酌度江宁现在情形，城外龙江关、西新关两处，暂缓开关征税，俟商民复业，再行奏复旧制。附片奏：江、安两省武营遗缺，请通融借补。
札委工程局员，修葺江南钟山书院、尊经书院。
是月，奉上谕：“上年江宁克复后，曾国荃因病陈请开缺回籍，当经降旨，令该抚病痊即行来京陛见。迄今已及半载，该抚病体当可渐次就愈。朝廷以该抚功续昭著，且年力盛强，正可借资倚任。着曾国藩传知曾国荃，如病已就痊，即行来京陛见。现当勤求治理需才孔亟之时，该抚慎勿遽萌功成身退之志，以副期望。钦此。”
彭公玉麟奉旨署漕运总督，吴公棠署两广总督，李公瀚章授湖南巡抚。李公鸿章派提督郭松林等军，由海道赴福建厦门助剿漳州之贼。杨公岳斌募湘勇五千成军，由长沙启行赴甘肃。公方议裁撤湖南东征厘局，于是杨公奏请改为西征局，充甘肃军饷。贵州巡抚张公亮基，亦请以东征局饷协解黔中。
三月十五日，奏通筹滇黔大局一折。奏称：行军之道不一，而进兵必有根本之地，筹饷必有责成之人。谋滇者当以蜀为根本，即以饷事责之四川总督；谋黔者当以湘为根本，即以饷事责之湖南巡抚。湘蜀两省物力有限，倘任滇黔之饷，则甘肃之饷应责之江浙等省，不敢有所推诿。又奏福建汀漳道彭毓橘因病未能赴任，请开缺。附片奏：李世忠前后捐助军饷银十五万九千余两，请并入河南捐款，为将来加广中额之地。又附片奏：湖南设立东征局，当时实由黄冕主持，因此大招物议。上年金陵幸克，臣即议定期裁撤东征局。湘中商民，人咸知之。今杨岳斌请改供西征之饷，滇黔各省亦指请协解。臣既奏停江广厘金，而于桑梓独食其言，且令黄冕专受其谤，有直不安于心者，谨先事沥陈。俟四月间，即专折奏请裁停东征局务，另由江南筹解甘饷，俾湘民沾高厚之恩，臣亦稍释稳微之疚。又片奏称：新疆之地，大漠苦寒，艰险异常，鲍超威严有余，恩信不足。倘出关以后，部曲离怨，必为回众所轻。一有挫失，全局震动，后人更视关外为畏途矣！且甘肃未平，遽谋新疆，则后路之根本不稳。鲍超历年苦战，臣岂忍忘其大功而摘其小过？惟有仰恳圣慈，饬令鲍超随同都兴阿、杨岳斌先清内地，再行出关，不宜轻于一发。不过鲍超一军为然，自古有事塞外者，未有不慎于始谋者也。又片奏：臣弟国荃病未痊愈。钦奉寄谕，已恭录传知。
时有御史朱镇奏参湖南兵勇在江南骚扰情形，请即遣散回籍。公于是札饬各军，大加裁撤，在金陵者，仅存四营而已。
二十五日，具折奏续保攻克金陵水师员弁，开单请奖。附片奏：彭玉麟固辞署漕运总督之任，并陈明捻匪飙忽，恐南入江境，调张树声一军驻清江浦，调刘铭传、周盛波两军由六安移防徐、宿。时彭公玉麟已专奏力辞新任，而捻匪窜山东境，蔓延曹州、济宁一带，徐州清江皆防窜越。吴公棠亦以防务留清江，未赴两广之任。
二十七日，公登舟出江泊瓜洲。
二十八日，登焦山，彭公玉麟从。
二十九日，渡江登北固山，览京口形势。旋登金山，回瓜洲，查阅盐河工程。
四月初一日，公抵扬州。运司李宗羲禀商盐政厘务。设盐栈于瓜洲之新河口，以利捆运。裁减江北厘卡，改定江北厘务章程。
初三日，还金陵署。
十五日，具折奏黄翼升水师、张树声淮军已到清江防所，刘铭传、周盛波日内当抵邳、宿之境。又折奏前漕督袁甲三先经奉旨于临淮建立专祠，旋因案撤销，请仍准建复。附片奏皖南镇总兵唐义训开缺，以总兵刘松山、道员金国琛办理徽、宁防务。该二员蒙恩授甘肃镇道实缺，并催令赴任，请暂留皖南，仍即以刘松山缺调补皖南镇实缺。又片奏新授安徽臬司李宗羲暂留两淮之任，整理盐务。
二十日，核定瓜洲盐栈章程。
二十一日，接奉廷寄书公爵加称曰“毅勇侯。”
鲍公超回川后，所部霆字营分为两军：其一，总兵娄云庆领之入闽；其一，总兵宋国永领之赴蜀，将率以出关也。入闽之军在上杭县大哗，回向江西索饷。江西藩司孙长绂急发银六万两，迎解于军前，众稍定。入蜀一军行至湖北金口登岸，哗溃为乱，窜陷咸宁县，扰犯江西、湖南边境，李公瀚章调军平之。公久虑霆营之有变，至是闻警，适如前疏所虑，为之怃然，忧念不已。
僧王追击捻匪至于山东，日驰百数十里不息，捻匪势亦飙忽，迭奉谕旨，以持重为戒。公亦具密疏，请令僧邸一军稍休暇以养锐。疏未上也。二十四日，忠亲王僧格林沁在曹州中伏阵亡。兖豫之间，贼势益张，远近人心为之惶骇。
二十五日，公接见洋人，议江南通商事宜。是月，公与李公鸿章会奏遵旨核减苏松等属浮粮一折。
郑公敦谨奉旨授湖北巡抚，吴昌寿调河南巡抚。
五月初一日，驰折奏迭奉谕旨，复陈大略：其一，鲍超霆营溃叛之故，固惮万里长征之苦，实由积年欠饷之多，已飞咨鲍超迅赴鄂中，调停解散。檄调刘连捷等军，南渡九江，咨彭玉麟调派水师扼防江西。其一，水师炮船，宜用于长江大川之中，若运河水窄岸高，断难施展。黄河与大江，船式迥殊，水性亦异，宜由山东，河南抚臣另造舢板，分防黄、运两河，则畿辅永无捻患。凡二条。附片奏称：金口霆营叛乱，容有别情，至娄云庆一军在闽鼓操，则系因饥生变，实无他故。臣不在江西，不能筹发欠饷，又明知霆营出关，必将生变，不能及早奏请停调，至酿今日之祸，皆由臣区画一善，恩信不孚，无可辞咎！容俟查明原委，自请严处。又代奏陕西臬司陈湜谢恩一折，奏请应否陛见。
初二日，奉到寄谕。令公出省至淮、徐一带，督率水陆援军，相机剿贼。
初三日，公闻僧王阵亡之惊，奉到上谕：“钦差大臣协办大学士两江总督一等毅勇侯曾国藩，着即前赴山东一带，督兵剿贼。两江总督着李鸿章暂行署理，江苏巡抚着刘郇膏暂行护理。钦此。”又奉上谕：“曾国藩着即携带钦差大臣关防，统领所部各军星夜出省，前赴山东督剿等因。钦此。”
初四日，奉到寄谕一道，初七日奉到寄谕二道。皆催公迅速启程。
初九日，驰折奏遵旨前赴山东剿贼，沥陈万难迅速情形：金陵楚勇裁撤殆尽，仅存三千人，作为护卫亲兵。此外，惟调刘松山宁国一军，如楚勇不愿远征，臣亦不复相强。淮勇如刘铭传等军，人数倘少，不敷分拨，当酌带将弁，另募徐州勇丁。以楚军之规制，开齐兖之风气，期之数月，训练成军，此其不能迅速者一也。捻匪积年掳掠，战马极多。驰骤平原，其锋甚锐，臣不能强驱步兵，以当骑贼，亦拟在徐州添练马队，派员前赴古北口采卖战马，加以训练，此其不能迅速者二也。扼贼北窜，惟恃黄河天险，若兴办黄河水师，亦须数月，乃能就绪，此其不能迅速者三也。直隶一省，宜另筹防兵，分守河岸，不宜令河南之兵，兼顾河北。僧格林沁剿办此贼，一年以来，周历湖北、安徽、河南、江苏、山东五省，臣接办此贼，断不能兼顾五省，不特不能至湖北也，即齐、豫、苏、皖四省，亦不能处处兼顾。如以徐州为老营，则山东只能办兖、沂、曹、济四郡，河南祗能办归、陈两郡，江苏只能办淮、徐、海三郡，安徽只能办庐、凤、颍、泗四郡。此十三府州者，纵横千里，捻匪出没最熟之区。以此责臣督办，而以其余责成本省督抚，则汛地各有专属，军务渐有归宿。此贼已成流寇，飘忽靡常，宜各练有定之兵，乃可制无定之贼。方今贤师新陨，剧寇方张，臣不能速援山东，不能兼顾畿辅，为谋迂缓，骇人听闻，殆不免物议纷腾，交章责备。然筹思累日，计必出此，谨直陈刍荛，以备采择！附片奏称：精力日衰，不任艰钜。更事愈久，心胆愈小！疏中所陈专力十三府州者，自问能言之而不能行之。恳恩另简知兵大员，督办北路军务，稍宽臣之责任，臣仍当以闲散人员效力行间。又折奏保张树声补徐海道缺，吴世熊补淮扬道缺。
僧王没后，将军国瑞革职留营，接护其军，并护钦差大臣关防，军心不固。公亟调刘铭传一军赴济宁以助之，李公鸿章调派道员潘鼎新领淮勇五千人，由轮船航海赴天津，以卫畿辅。
是日，奉到上谕：“钦差大臣协办大学士两江总督一等毅勇侯曾国藩，现赴山东一带督师剿贼，所有直隶、山东、河南三省旗绿各营及地方文武员弁，均着归曾国藩节制调遣。如该地方文武不遵调度者，即由该大臣指名严参。钦此。”寻又奉督率亲军轻骑就道兼程北上之旨，于时公定计撤退湘军，近用淮军。酌留金陵湘勇四营，增募千人，凡六营，委道员罗麓森等领之，以为亲兵，随同北征。其余湘军在江南者，全行撤遣回藉。
十三日，驰奏钦奉谕旨谨陈筹办情形，并请收回成命一折。奏称：潘鼎新一军，由轮船驶赴天津，可以壮畿辅之威，可以补臣迂缓之过，目前局势，似可无虞！至于节制三省，臣实不能肩此巨任；即才力十倍于臣者，亦不必有节制三省之名。并称河北宜责成直隶总督另筹防兵，不宜调南岸之师，往来渡黄，疲于奔命。各省巡抚，亦宜另筹防兵，不可使剿捻之师，追逐千里，永无归宿。反复申明前疏之说。附片奏：潘鼎新、刘铭传、张树声、周盛波等四军，皆系淮勇，经李鸿章兄弟苦心训练而成者。已调甘凉道李鹤章办理行营营务处，请旨筹开甘凉道缺。并令李鸿章之李弟李昭庆赴营差遣。又片奏：镇江、扬州水陆防军撤遣已竣，所有原设粮台，一并裁撤，另设报销局，进册报销。又片奏：咸丰三年，江宁城陷，将军祥厚等殉难，布政使祁宿藻先在围城中积劳病故，已奉旨优恤，仍请将祁宿藻祀祥厚专祠。
二十一日，公诣晋臣卞忠贞公祠，祠新葺成也。
二十二日，李公鸿章至金陵，公交卸总督关防。
二十三日，奉到上谕：“曾国藩恳辞节制三省之命，具见谦抑为怀，不自满假！该大臣更事既多，成效夙著，若非节制直、东、豫三省，恐呼应未能灵通，勿再回辞。钦此。”
二十四日，驰折奏报交卸督篆带兵出省日期，并报捻匪回窜皖、豫、山东情形渐松，当无渡河北犯之虑。又折奏保肃清皖南出力员弁，开单请奖。附片奏：本年二月，提督鲍超委员赴口外采办战马八百匹。今鲍超出关之行，已因兵变而中止。应请敕下兵部，令此项马匹径赴山东，解臣行营，俾资练习。又片奏裁撤湖南东征局，其湖南协甘之饷，由抚臣李瀚章酌筹协解。又具折奏报淮南盐课收数第二案。附片奏：两淮盐课拨解京饷之银五万两，请改解臣营，以应急需。又奏查得已故两江总督陆建瀛遣骸，护送回籍。
二十五日，公由金陵登舟，饬北征六营湘军即日拔队启行。其所撤遗各湘勇，委员押令悉数溯江西上，毋得停留。
二十八日，公舟解缆渡江，彭公玉麟从。公与彭公核定长江水师章程。
是月，唐义训、金国琛所部徽州防军索饷鼓噪。刘公长佑驻军开州，督造防河战船。
左公宗棠克漳州府城。苏省所派郭松林等军克漳浦县城。福建全省皆平，贼窜广东之境。刘公坤一奉旨授江西巡抚。
闰五月初一日，公舟泊瓜洲。
初三日，泊扬州，札委知府彭嘉玉办理江宁粮台。
初八日，抵清江浦。
十一日，驰折奏捻匪南趋安徽，藩司英翰在雉河集被围，调水师入洪泽湖，以达临淮；调刘铭传周盛波回援皖北。附片奏道员罗麓森委办营务处。又片奏力辞节制三省，恳请收回成命。
十二日，札委淮扬道吴世熊办理转运粮台。维时捻酋四人，曰张总愚、曰任桂、曰牛洪、曰赖文光，赖逆则粤奥匪之党也。四股匪徙数十万，马数万匹，分合不常，往来飚忽。官军追逐，或求一战而不可得，甚或委弃军火粟马以资贼。大河以南，淮、汉以北，蹂躏数千里。公既奏定专办十三府州，扼要驻军，不事驰逐。其用湘、淮各军火器饷需，用水道转运，以江南为根本，以清江为枢纽。溯淮、颍而上者，达于临淮关、周家口，溯运河而上者达于徐州、济宁州。治军转饷之规，与前此北方官军迥殊矣。
札撤徐州镇总兵詹启纶一军，遣散回籍。出示晓谕淮北民圩，严缉奸匪。
二十日，刘松山军到清江浦。
二十一日，驰折奏：群贼全萃皖境，英翰空出重围以求援。寿春镇总兵易开俊目疾增剧，拟亲率湘军赴临淮驻札，就近调度。派刘松山兼统易开俊之军。臣初奏四省十三府州之地，安徽以临淮为老营，河南以周家口为老营，江苏以徐州为老营，山东以济宁为老营，各驻重兵，多储粮械，一处有急，三处往援，有首尾相应之象，无疲于奔命之虞，或可以速补迟，徐图功效。至于目前诸将，刘铭传、潘鼎新均可独当一面，张树声、周盛波两军合当一面，刘松山、易开俊合当一面。另派郎中李昭庆训练马队，合以亲王旧部，同为游击之师。又折奏派委浙江运司李榕前赴济宁，承领国瑞交代事件，并迎提亲王旧部军马，赴徐州调遣。饬潘鼎新一军移驻济宁，会同李榕料理接管。附片奏：钦奉寄谕，陈国瑞、刘铭传曾有互斗之案，饬臣斟酌，妥为调派。现在刘铭传援剿皖北，应令陈国瑞暂驻河南境，不宜其事一处，以杜诸军内讧之渐。又片奏总兵陈国瑞优劣事迹，请旨饬归河南巡抚节制调遣。
是日，前折递回，奉到上谕：“曾国藩因节制三省，任大责重，复恳请收回成命，具见谦抑之忱！第贼氛猖獗，时事孔艰，事极不专，则一切调度事宜，深恐呼应不灵。该大臣惟当力任艰巨。与三省督抚和衷筹画，将此奏贼众克期殄灭。彼时三省军务既平，自可毋庸该督节制。既为其实，毋避其名，万不可稍存过虑之心，再有渍读。钦此。”
二十二日，公由清江登舟，换用淮船。
二十六日，渡洪泽湖。
二十八日，舟泊五河。驰折奏皖境一片逆氛，非马队不足以制胜。请将寄谕拨交河南之马队，一起凡四百九十六员名，调赴皖北助剿。附片申陈：精力衰颓，军势单弱，尚未开总督两江之缺，而更增节制三省之名，耿耿寸衷，如负重疚。恳收回成命，但责臣之会办剿捻，自当通力合作，不敢稍分畛域。如不蒙俞允，更当累疏渎陈，不辞严谴。
二十九日，公舟抵临淮关驻营。
是月，安徽雉河集解围，贼窜河南许州境。湖北蒋凝学一军奉调赴甘肃，行至襄阳哗溃。
六月初六日，批总兵陈国瑞禀牍，凡二千余言，称其所能，而历数其过失。申明禁约，凡四条：一曰不扰民，二曰不私斗，三曰不梗令，词旨严切，陈国瑞复禀，未能遵公约束也。
初八日，乔公松年来见公。初十日，出示晓谕：“毫州、蒙城、宿州、永城四属民圩，分别良莠，擒送捻匪赴军营者，重赏。并委员会同州县，严拿匪徒，就地惩办。
十二日，与乔公松年驶折会奏，援军大捷，雉河解围。附片专奏陈州府库存银二十万两，拟与江苏、安徽、河南分拨各五万两，给付军营，其李鸿章应得之饷，即就近拨发刘铭传等军用饷。
十三日，公移驻陆营。时淮水盛涨，各营多移淮南岸以避水。公营在北岸，筑堤以捍之。
公弟国荃奉旨授山西巡抚。二十四日，奉到上谕：“曾国荃已简授山西巡抚，曾国藩当嘱该抚勉图报效，作速赴任，勿以病辞。钦此。”
是月，贼西窜南阳、襄、陕一带。
七月初八日，驶奏钦奉谕旨复陈一折。奏称雉河解围以后，贼分两路西窜。檄调刘铭传全军驶赴周家口，添调马队以助之。山东拨交马队二起，系曹南新挫之余，人马俱疲，必须在徐州大加整理。细观贼情，已成流寇，若贼流而官兵与之俱流，则节节尾追，著著落后。臣坚持初议，以有定之兵，制无定之寇。令刘铭传驻周家口，张树声驻徐州，刘松山驻临淮，潘鼎新驻济宁，贼至则迎头击之。请敕下河南、湖北督抚，于豫之巩、洛、宛、邓，楚之随、枣、黄、麻，各驻劲兵一枝，专重迎剿，不事尾追，庶几渐有归宿。且此贼有不甚似流寇者，蒙、毫老巢田庐尚在，贼尚眷恋，既设法以遏其流，又拟查办民圩，以清其源。谨将告示一道，钞呈御览。又折奏徽、休防军索饷哗噪，已饬查拿侵饷之营官、倡乱之勇丁，认真严办。请将唐义训、金国琛交部议处！皖南道张凤翥措置不善，先行撤任。并奏自请交部议处。附片奏委吴坤修署皖南道缺。又折奏扬防凯撒，供用漕折银两，目前无款归还，请旨敕部暂缓催提。又奏谢弟国荃授山西巡抚恩，并陈明近日病状，未知现在是否痊愈，已恭录谕旨，驰函家中，嘱其勉图报效。
十五日，奉到上谕：“曾国藩身任统帅，责无旁贷！前经叠谕该大臣筹拨一军，兼顾晋省。并令刘铭传等军驰赴豫省北路，绕出贼前，防贼窜越秦晋之路。又令派拨马队，驰赴豫境助剿，复以贼去徐郡甚远，令该大臣酌量前进驻扎。乃该大臣日久迄无奏报，近来皖豫军情，及各路如何布置情形，均未陈奏，历次所奉谕旨，亦未答复，实属疲玩因循。若欲借如获咎，冀卸节制三省仔肩，何以仰副朝廷倚任之重？该大臣公忠体国之心，何忍出此等因。钦此。”
十八日，公渡淮按视刘松山老湘营。
二十三日，巡视凤阳府城，行诣明陵。
二十四日，驰奏钦奉谕旨复陈一折。奏称：周家口八面受敌，最为扼要。刘铭传将略较优，人数较多，故以周家口重任付之。至秦晋边防五百余里，实非该军所能偏防，若令其西去，则无益于晋，而有损于豫。且湘淮各军不惯面食，军火炮械，挽运维艰。今河南等省用兵，全不讲求转运，粮械缺乏，莫肯尽力。顷在临淮檄委编修张锡嵘招募淮勇，专取能食麦面杂粮之人，冀备他日征剿西北之用。至于节制三省之命，臣已三疏固辞。自念赋性颛愚，即一省已难专任，然受恩深重，虽数省亦当通筹。计捻匪可到之处，约有八省，皇上饬臣兼顾晋省，已在节制三省之外。而外间之责望尚不止此，臣何以堪此重任？又何能当此重咎？恳敕下九卿科道、八省督抚，会议剿捻事宜，各抒所见，恭请宸断，定一不可改易之策，大局幸甚！至臣之不轻奏报，曾于同治元年具奏陈明，迄今不改此度。若欲因此获咎以谢仔肩，则生平所志所学，断不肯如此取巧。又折奏徐州镇总兵詹启纶、寿春镇总兵易开俊均因病开缺。请旨简放，以重职守。又折奏总兵陈国瑞与已革总兵郭宝昌，同为亲王军翼长，曹南之役未能救护主将，该总兵同罪异罚，补行纠参，请撤去帮办军务，革去黄马褂，责令戴罪立功，以示薄惩而观后效。附片密陈前月给予陈国瑞批牍及陈国瑞禀覆之词，尚无诚心悔过之意，原牍均钞送军机处备查。又片奏保总兵董凤高、李祥和二员，请补徐州、寿春两缺。
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