贼退出岳州，王錱湘勇先抵岳州，由蒲圻前进。公所派陆军三营，亦抵岳州。公自统水运进剿。三月初二日抵岳州。初五日，公由驿具折奏称：贼踪全数退出南省，臣现驻岳州，搜捕湖汊余匪，就近剿办崇、通股匪，上游肃清，则驰赴下游，庶无彼此牵掣之患。又具折奏训导储玫躬屡著战功，拟保以同知直隶州升用。该员冲锋遇害，恳恩准照同知直隶州例议恤。阵亡之勇目喻西林、文生杨华英均请一体议恤，以慰忠魂。附片奏：在籍道员蒋征蒲捐助军饷，请先提银十万两，拨付臣营口粮，并请旨饬令该道员赴行营总办粮台事务，以期呼应较灵。
是日，公派战船搜捕西湖余匪。卫千总邹国彪遇贼掷火，烧伤而亡。初七日，北风大作，战船及辎重船在岳州湖畔者，漂沉二十四号，撞损数十号，勇夫多溺毙者。
骆公秉章屡奉旨筹兵援鄂。骆公于二月内奏称：“湖南弁兵存数无多，历次剿办土匪，及此次所派追剿贼匪者，俱系臣与曾国藩督饬士绅召募自练之壮勇，较为得力。该逆现窜湖南，鄂省情形较缓，拟俟南省剿办事竣，臣派兵驰往鄂省跟踪追击。”奉朱批：“楚南之贼，明系分窜。现在湖北尚有多贼。曾国藩炮船原为肃清江面，第此时道路不通，暂可留在湖南剿办。亦不能专待事竣，缓缓北上。楚南办有头绪，仍应速赴湖北为是。曾国藩素明大义，谅不敢专顾桑梓，置全局于不问。北重于南，皖、鄂重于楚南，此不易之局也。钦此。”
湖北贼势方炽，武昌省城岌岌不保，公屡奉寄谕，饬令统领舟师驰赴下游。谕旨又云：“此时得力舟师，专恃曾国藩水上一军，倘涉迟滞，致令汉阳大股窜踞武昌，则江路更形阻隔。朕既以剿贼重任付之曾国藩，一切军情不为遥制等因。”公启行之初，派陆路劲军由崇、通剿贼，欲以次扫荡，进援武昌。公自统水师顺流而下，既至岳州，遇风沉损各船。而王錱湘勇之前进者，初八日抵羊楼司，遇贼溃败，退回岳州。贼乘胜上犯，公弟国葆、邹寿璋、杨名声等营在岳州者，皆溃退入城。贼扑城甚急。初十日，公急调炮船，齐赴岳州，登岸击贼，拔出城中各营溃勇，乘风南返。十四日，泊长沙城外，贼船复上犯湘阴。
公在衡州时，原任湖北巡抚杨健之孙杨江捐助军饷银二万两，公因奏请以杨健入祀乡贤祠。奉旨交部议处，部议革职，奉旨改为降二级调用。
十五日，骆公奏岳州官军失利、省城现筹防剿情形。王錱革职，留营效力赎罪。
十八日，公具折奏：“岳州陆军败溃，水师遇风坏船，力难应敌，恐战船洋炮反以资贼，遂乘风退保省城，皆由臣不谙军旅，调度乖方，请交部治罪。”附片奏船支遇风沉损情形，邹国彪伤亡请恤。又奏探明前路贼情一片。
官军在崇、通者，屡获胜仗，胡林翼有初六日上塔市之胜，塔齐布有十四日沙坪之胜，贼势少挫。时值贼船上窜，长沙戒严。公乃调胡林翼、塔齐布两军旋省，委林源恩以平江勇扼守，防其南窜。二十二日，奏报崇、通胜仗一折，奏称：“武昌以南等属州县皆已为贼所据。臣本拟痛剿崇、通一股，即可直抵鄂省，以资救援。不谓岳州一败，大股上窜，须酌撤通城之兵，回保长沙，此皆臣调度乖方所致也。”
公之回长沙也，竹亭公为书以诫公，谓其筑垒不坚，调军太散，皆取败之道。结阵之法，缉奸之法，皆宜加意讲求，尤以早起早食为要。自是以后，公每日未明而起，甫明而食，凡十余年如一日。
贼船窜踞靖港市，复分股由陆路扰宁乡南及湘潭。二十七日湘潭失守，贼于城外筑垒自固，于湘水上游掠民船数百号，竖立木城，以阻援师。二十八日，塔齐布公督军驰至湘潭，奋击贼营，大破之。连战四日夜，毙贼数千人。官军力战，杀贼之多，实自此役始。二十九日，公派水师五营，驶赴湘潭助剿。
四月初一日，水师大破贼船于湘潭。陆军攻贼垒，尽破之。初二日，公自督战船四十号、陆勇八百人，击贼于靖港市。西南风发，水流迅急，不能停泊，为贼所乘，水勇溃散，战船为贼所焚，或掠以去。公自成师以出，竭力经营，初失利于岳州，继又挫败于靖港，愤极赴水两次，皆左右援救以出。而是日水师适破贼船于湘潭，连日报捷，军势少振。初三日，水师尽毁贼所掠船。塔齐布公会各军兜剿，屡破之。初五日，克复湘潭县城，贼乃大溃，自粤逆称乱以来，未受大创，湘潭一役，始经兵勇痛加剿洗，人人有杀贼之志矣。
公之回长沙也，驻营南门外高峰寺，湘勇屡溃，恒为市井小人所诟侮，官绅间亦有讥弹者，公愤欲自裁者屡矣。公言：“古人用兵，先明功罪赏罚，今时事艰难，吾以义声倡导乡人诸君，从我于危亡之地，非有所利也，故于法亦有所难施，所以两次致败，盖由于此。”
湘潭未捷之时，公与骆公会奏贼势全注湖南，大局堪虞，请旨速饬广东、贵州，遄调兵勇来楚，协剿一折。
初十日，兵部火票递到前折，奉上谕：“曾国藩奏岳州水陆各军接仗情形，并自请治罪一折。此次岳州水军虽获小胜，惟因陆路失利，以致贼匪复行上窜。曾国藩统领水陆诸军，调度无方，实难辞咎，着交部严加议处。仍著督带师船，迅速进剿，克复岳州，即行赴援武昌，毋得再有延误。钦此。”又奉上谕：“曾国藩所统各勇，为数过多，既须剿办粤逆，又须搜捕土匪。即如所奏，有拨赴平江、通城者，有拨赴临湘、蒲圻者，又有不能依限前进者，散布各处，照料既不能周，剿捕自难得力。一有败衄，人无固志。似此何能力图进取？此时肃清江面，专恃此军。曾国藩初次接仗，即有挫失，且战船被风沉损多只，何事机不顺若是？现在湖北待援孔亟，曾国藩以在籍绅士，若只专顾湖南，不为通筹全局之计，平日所以自许者安在？鲍起豹本系水师大员，何以不令督带舟病剿办贼匪？是否不能得力？且该提督何以陆路亦未带兵前进？着骆秉章查明具奏。钦此。”
十二日，公与骆公会奏官军击贼靖港互有胜负，贼由陆路攻陷湘潭，官军水陆夹击，大获胜仗，巨股歼灭，克复县城一折。随折奏保副将塔齐布、守备周凤山、同知褚汝航、知县夏銮、千总杨载福、文生彭玉麟、哨官张宏邦、训导江忠淑八员。是役以塔齐布公为功首，而水师立功亦于是始著。
公专折奏：靖港战败，水师半溃，实由臣调度乖方，请交部从重治罪，并请特派大臣总统此军。臣未赴部之先，仍当力图补救。附片奏保塔齐布、褚汝航等数员，可分水、陆将领之任。奏奉上谕：“屯聚靖港，逆船经曾国藩亲督舟师进剿，虽小有斩获，旋以风利水急，战船被焚，以致兵勇多有溃败。据曾国藩自请从重治罪，实属咎有应得。姑念湘潭全胜，水勇甚为出力，着加恩免其治罪，即行革职，仍赶紧督勇剿贼，带罪自效。湖南提督鲍起豹自贼窜湖南以来并未带兵出省，迭次奏报军务，仅止列衔会奏。提督于统辖全省官兵之责，似此株守无能，实属大负委任。鲍起豹著即革职，所有湖南提督印务，即着塔齐布暂行署理，该部知道。钦此。”又奉上谕：“曾国藩统领舟师，屡有挫失，此折所陈纰缪各情，朕亦不复过加谴责。现在所存水陆各勇，仅集有四千余人。若率以东下，诚恐兵力太单。该革员现复添修战船，换募水勇，据称一两月间当有起色。果能确有把握，亦尚不难转败为功。目下楚北贼踪，由应山窜回德安，随州之贼，亦回武汉。是鄂省望援甚急。该抚等务当督饬水陆各军，迅将此股败窜之匪歼灭净尽，兼可赴援武昌，以顾大局。钦此。”
官军既复湘潭，余贼溃窜者，擒捕殆尽。贼船在靖港者，闻风下驶，岳州贼亦退出。公所造战船，经岳州之损，靖港之败，去其大半。旋委员于衡州、湘潭设两厂，续造船六十号，较前更加坚致。长沙亦设厂重修百数十号。已溃之勇丁不复收集，别募水陆兵勇数千人。每船增置哨官一员。调罗泽南、李续宾带所部湘勇回长沙，又委增募湘勇数营。将领立功者，奖拔保奏，溃败者革退更置。奏调水师弁兵于南粤。广西巡抚委知府李孟群募水勇一千名，广东委派总兵陈辉龙带水师四百员名、炮一百尊，赴湖南会剿。规模重整，军容复壮矣。
通城贼南犯，林源恩带勇堵之。公调江忠淑、陈鉴源等带勇会剿，破之。
五月初八日，公具折恭谢天恩。奏称：“臣屡奉谕旨，饬令迅速东下，数月之久，未能前进，复多挫失，且愧且憾，是以吁请治罪，乃蒙皇上俯从宽宥，贷其前愆，期其后效。臣现将水陆各军严汰另募，重整规模，一俟料理完毕，即星夜遄征，誓灭此贼，以雪挫败之耻，赎迟延之罪。”又因前折奉批谕，有太不明白之语，附片复陈湘潭、宁乡、靖港三处贼踪来去、官军胜败曲折情形。又附片奏请署提督塔齐布会师东下，出省剿贼。又奏称：臣系革职人员，此后出境剿贼，一切军情，必须随时奏报，请容臣专折奏事。奉朱批：“准汝单衔奏事。钦此。”又奉上谕：“曾国藩添募水陆兵勇，及新造重修战船，既据奏称已可集事，则肃清江面之举，仍藉此一军，以资得力。塔齐布胆识俱壮，堪膺剿贼之任，着骆秉章即饬统领弁兵，迅速出境。曾国藩与该署提督共办一事，尤应谋定后战，务期确有把握，万不可徒事孟浪，再致挫失等因。钦此。”
贼既退出湖南，旋复上犯，陷华容，据岳州，分扰洞庭之西湖。十三日，陷龙阳，掠民船，攻常德府，十六日，陷踞之。塔齐布公统带兵勇三千，先赴岳州进剿。公乃调胡林翼与周凤山、李辅朝等带勇由益阳进剿常德。行抵龙阳，湖水骤涨，贼船乘水攻营，周凤山等小挫。胡公林翼督各勇回益阳，改道绕赴常德。
六月，船厂修造战船毕工。广东总兵陈辉龙到长沙，添造浅水拖罟二号。李孟群所募广西水勇千名，亦到长沙，与公所新募水勇日夜操练，刻期进剿。
汉阳之贼，于春初分股泝汉水，陷德安、随州，江汉城邑大半残破。湖北学政侍郎青麟入守武昌，署巡抚事，将军台涌驻营随州，署总督事。贼于三月陷安陆府，四月陷荆门州，犯荆州府，将军官文公遣兵击却之。贼窜陷宜昌府。五月复下窜宜都、枝江，由太平口南入洞庭，与西湖股匪合并，陷澧州、安乡等城。青麟守武昌数月，城外贼踪四布，粮尽援绝，乃奉饥军数千突围南出，就饷于长沙。贼遂陷武昌省城据之。公与骆公筹发饷银二万两，以赈鄂军资遣至荆州。青麟奉旨正法，台涌革职。诏以杨霈署湖广总督。
公水师既集，分三帮起碇。十三日，先遣褚汝航等四营击楫而下。陆师则以塔齐布公之军为中路，驻营于新墙。胡公林翼等军出西路，趋常德。江忠淑、林源恩等由平江进剿崇、通者为东路。先后进剿，合计兵能数近二万。贼闻官军大至，遂退出常德、澧州各城，将所掠船尽集岳州踞守。公以新墙兵力稍单，调派罗泽南等以勇二干继进，又调周凤山等兵勇齐赴岳州。二十二日，塔齐布公破贼于新墙，进逼岳州。晦日，水师破贼于南津港，贼乃宵遁。
七月初一日，官军收复岳州。初三日，贼船数百来犯，水师力战破之。
初六日，公督水师后帮，由长沙起行，陈辉龙、李孟群率师继进。
十一日，公会骆公衔驰奏水师克复岳州、越日大股续至，复被水师痛剿，全数歼灭，南省已无贼踪一折。随折奏保褚汝航、夏銮、彭玉麟、杨载福、何南青等五员。附片奏调浙江候补知县龚振麟来楚铸造炮位，接济舟师之用。又附片奏称：“水师以造船置炮为最要，出征船舰，不无漂损。臣设衡州、长沙两处船厂，仍不停工。酌留水勇在长沙操演，预备接济，请旨饬催两广督臣赶紧解运夷炮数百尊来楚，以资攻剿。”又附片奏报水师前后起行日期，并雇船载陆勇二千，以资护卫。奉朱批：“览奏稍慰朕怀。汝能迅速东下，藉此声威，或可扫除武汉之贼，朕日夜焦盼，忧思弥增。护船陆勇。终恐未可深靠。钦此。”又奉上谕：“此次克复岳州，大获胜仗，湖南逆业就肃清，江路已通，重湖无阻。即着塔齐布、曾国藩会督水陆兵勇，乘此声威，迅速东下，力捣武汉贼巢，以冀荡平群丑。钦此。”
水师既克岳州，进破贼船于道林矶。十四日，贼船上犯，水师复破之于城陵矶。十五日，公抵岳州。十六日，驰奏水师迭获胜仗、将犯岳贼船，全数歼灭一折。随折仍奏保褚汝航等五员，阵亡哨官秦国长请恤。是日公专差赉折，奏请旨饬部颁发部监执照，以速捐务，而济要需。现在臣与提臣塔齐布一军，水陆共计一万三千余人，月需饷银六七万两，万分焦灼。是以专差赴部，守领执照。
水师乘风击贼船于城陵矶下，南风大作，官军失利，总兵陈壮勇公辉龙、游击沙公镇邦战殁，褚公汝航、夏公銮等驰救，亦阵亡。战船陷失者数十号，兵勇死伤甚多。
十八日，塔齐布公陆军破贼于擂鼓台，阵斩贼目曾天养。
二十一日，驰奏水师失利，陆军获胜一折。阵亡总兵陈辉龙、道员褚汝航、同知夏銮、游击沙镇邦、千总何若、澧府经历唐嵘，均奏请恤。随折奏保陆营将弁童添云、周岐山、黄明魁三人，并自请交部严加议处。其时，水师营官道员李孟群之父李愍肃公卿谷，在湖北署臬司任内殉难。公附片奏报李卿谷殉难情形，请照臬司例赐恤。并称其子孟群忠勇奋发，思报仇殄逆，请留营剿贼。并请从权统领水师前营，以专责成。奉上谕：“览奏曷胜愤懑！曾国藩系在水路督战，于陈辉龙出队时，不能详慎调度，可见水上一军毫无节制，即治以眙误之罪，亦复何辞？惟曾国藩前经革职，此时亦不必交部严议，仍责令督饬水师，将弁奋力攻剿。断不可因一挫之后，遂观望不前等因。钦此。”又奉上谕：“李孟群现在丁忧，着准其仍留军营，带勇剿贼。钦此。”
贼屯聚城陵矶者为数尚众，诸公殿元等击贼阵亡。二十六日，贼党大至，罗公泽南奋击破之。二十八日，湘勇由陆路进攻贼垒。二十九日，水师毁贼船于城陵矶，贼大溃。
闰七月初三日，驰奏岳州水陆官军四获胜仗一折。随折奏保知府罗泽南、守备杨名声、千总唐得升、李荣华四员，阵亡都司诸殿元、千总刘士宜请恤。奉上谕：“塔齐布、曾国藩自带兵以来，既未尝遇败而怯，定不致乘胜而骄，总宜于妥速之中，持以慎重，则楚省贼踪渐可扫荡。钦此。”塔齐布公陆军初二日，攻破贼营十三座，杀贼二千余人。李公孟群、杨公载福等率水师，以火焚贼船，乘胜攻击，尽平沿江两岸贼垒，穷追二百余里，至嘉鱼县境，贼溃下窜。公督水军出江，进驻螺山。
初九日，驰奏水陆两军大胜、贼垒尽平，大股歼贼一折，随折奏保周凤山、李续宾、何越珽、佘星元、滕国献、萧捷三六员。附片奏调湖北藩司夏廷樾总理行营粮台，暂驻岳州，以资转运。又附片奏称：新授四川臬司胡林翼，才大心细，为军中必不可少之员，请旨饬令该臬司管带黔勇，酌拨他路兵勇，自成一队，随同东征。知府罗泽南，经江西抚臣咨调赴援，该员现带湘勇屡次大捷，独当要隘，以寡胜众，亦请随同出境东征，免其赴援江省。
贼之上犯也，濒江城市村镇，愁被残掠。岳州城陵矶以下筑垒江岸，以图抗拒。至是水陆屡捷，乘势扫荡，贼垒悉平，难民焚香跪道以迎。公约束严明，秋毫不犯，解散协从，抚恤疮痍。军抵湖北省境，与将军官文公、总督杨霈之军声息渐通。奉上谕：“塔齐布、曾国藩奏水陆官军大获胜仗一折，办理甚合机宜。塔齐布着交部从优议叙，曾国藩着赏给三品顶戴，仍着统领水陆官军，直捣武汉，与杨霈所统官军会合，迅扫妖氛。钦此。”
骆公秉章具折奏称：“东南形势，利用舟楫，自逆贼掠取江湖舟舰，以数万计，以致糜烂数省，凶焰日张，官军坐受其困。自奉明诏筹备舟师，始有湘潭、岳州诸大捷，疆圉危而复安，此舟师协剿之明效也。曾国藩所统水师船炮本不为多，接仗失利，所失不少。现在曾国藩整军东下，通筹防剿大局，以船炮为最要。现饬绅民设局捐办船炮，以固本省藩篱，而资大营接济。”又奏留胡林翼一军仍驻岳州，奉旨皆允之。
贼之大股窜回武汉，而江岸支港汊湖尚有余匪藏匿，崇阳踞贼数近二万，蒲圻、咸宁等县之匪，倚崇阳为巢穴。公与塔公筹商，分路进剿。公督水军搜剿濒江贼船，进扼金口。贼屡来犯，击却之。塔公督陆军驰赴崇阳，连破贼卡。二十六日破贼于羊楼司。贼败窜，塔公追剿，直抵崇阳。八月初四日，克复崇阳县城。初九日，追击贼于咸宁，破之。荆州将军官文公所遣魁玉、杨昌泗等，带兵五千，会于金口，水陆并势，复破贼于沌口。公于初四日驻军嘉鱼，驰奏水陆官军迭获胜仗，及现筹剿办情形一折。奉批谕：“汝等自湘潭大捷后，屡次得手，有此声威，岂可自馁？惟利在速战，莫待两下相持，师劳饷乏，大有可虑处。塔齐布不致为崇阳一股牵制方好。钦此。”
十一日公进驻金口。
十九日，驰奏崇阳克复、咸宁大获胜仗、水师连日接战获胜一折，又奏恭谢天恩一折，奏称：“臣丁忧在籍，墨绖从戎，常负疚于神明，不敢仰邀议叙，乃荷温纶宠锡，渐悚交增。嗣后湖南一军再立功绩，无论何项褒荣，概不敢受。”奉朱批：“知道了，殊不必如此固执！汝能国尔忘家，鞠躬尽瘁，正可慰汝亡亲之志。尽孝之道，莫大于是！酬庸褒绩，国家政令所在，断不能因汝一请，稍有参差。汝之隐衷，朕知之，天下无不知也。钦此。”
胡林翼军至通城，因骆公奏留，遂回驻岳州。
塔齐布公、罗公泽南由咸宁北趋，击破贼党于横沟桥，与公会于金口。而崇阳余匪仍聚攻县城，陷之。公兼督水陆各军，分途进剿。公与塔齐布公、罗公泽南规画进取武昌之策。贼于城外洪山、花园两路皆驻重兵，筑坚垒。罗公自请攻花园一路，塔公攻洪山一路。二十一日，罗公破贼垒九座，塔公亦破洪山贼垒，水师破毁贼船五百余号。
二十二日，驰奏水陆续获胜仗，现筹进兵武汉情形一折。是日，水军奋击贼船，焚毁殆尽；陆军攻武汉城外贼垒，悉破平之，先后毙贼万余。二十三日，克复武昌省城、汉阳府城，贼大溃。湖广总督杨公霈军汉阳以北，驰奏武汉克复大概情形。奉上谕：“曾国藩等攻剿武汉情形尚未奏到，塔齐布陆路官兵此时谅与曾国藩水陆合为一军，着俟杨霈抵省后，商摧挑选精兵，水陆进剿，朕日盼捷音之至也。钦此。”
二十七日，公驰奏水陆大捷，武昌、汉阳两城同日克复一折。奏称：“臣等先后入城，镇抚孑黎飞咨署督臣杨霈迅速渡江，妥筹进剿。”随折奏保水军营官道员李孟群、游击杨载福、守备萧捷三、陆营将领知府罗泽南、知县李续宾、都司彭三元、守备唐得升、文生李光荣，并奏保荆州将领已革都统魁玉、总兵杨昌泗共十员。附片奏称：“军务殷繁，差遣乏员，不能不兼用丁忧降革之员，从权办理。如果奋勉出力，仍当恳请天恩，一律保奖，以收后效，而励戎行。”又具折奏：“六、七月以来，水陆两军迭次胜仗，已奏请将将员弁兵勇保奖，奉旨允准。谨分为三起，先将第一单，汇列并粮台各员昼夜辛勤，经名营官开单请保，臣等核实，缮单恭呈御鉴。”其武汉克复折，奉朱批：“览奏感慰实深！获此大胜，殊非意料所及！朕惟兢业自持，叩天速赦民劫也。另有旨。钦此。”又奉上谕：“此次克复两城，三日之内，焚舟千余，蹋平贼垒净尽，运筹决策，甚合机宜。允宜立沛殊恩，以酬劳勚：曾国藩着赏给二品顶戴，署理湖北巡抚，并加恩赏戴花翎，塔齐布着赏穿黄马褂，并赏给骑都尉世职等因。钦此。”又奉上谕：“楚省大局已定，亟应分路进剿。由九江、安庆直抵金陵，扫清江面。应如何分兵前进，如何留兵防守。着杨霈、曾国藩、塔齐布妥筹商定，即行具奏。曾国藩以杀贼自任，必能谋定后战，计出万全。沿江剿贼之事，朕以责之曾国藩与塔齐布。楚省防贼回窜及搜捕江北等处余匪事宜，朕以责之杨霈。务当协力妥筹，不可稍存大意等因。钦此。”
武汉既克，贼船在襄河者尚多，奔出汉口，以图下窜。公派魁玉、杨昌泗带兵进剿，而杨载福以水师舢板数十号溯流驶入汉口，纵火焚贼船千余号，几尽。
三十日，驰奏水师搜剿襄河续获大胜一折。奏称：“战船用力甚少，成功甚多。江汉以上贼舟无几。从此一意东下，无牵掣之虞。然臣细察大局，有可虑者数端：一在兵气之散佚，一在乱民之太多，一则军去湘日远，军火银米输转为难，恐有缺乏溃散之患，不能不熟虑而缕陈之。”附片奏请旨饬江西抚臣筹银八万两，广东、四川二省各筹银数万两，迅解行营。现因陆兵太单，拟添募陆勇二千，率以东下。又附片奏鄂省克复以后，查获贼中伪文卷，七月十八日，城陵矶之战，贼酋曾天被养殪情形，前奏未及详悉声明。又讯据贼供武汉贼情曲折，一并声明。奉上谕：“曾国藩等以剿贼自任，虽当乘此机会，急思顺流而下，以次攻复沿江诸城，然须计出万全，谋定后战，方无挫衄之虞。若能由九江、安庆直抵金陵，使长江数千里尽荡妖氛，则从征将弁，朕必破格施恩，以酬懋绩。钦此。”
总督杨公霈自德安入驻武昌时，贼已退出黄州。南则踞兴国州，北则屯聚蕲州、广济，仍以船为巢穴。公与杨公会商进剿，分为三路：以塔齐布公统率湖南兵勇，进剿兴国、大冶为南路；派提督桂明等领鄂省兵勇进剿蕲州、广济等处为北路；公自督水军，浮江而下。
九月初七日，驰奏统筹三路进兵，分别水陆先后直捣下游一折。附片奏请饬谕陕西抚臣筹银二十四万两，解赴行营。又片奏参都司成名标监造船工，浮开款项，请革职查办。是日，又其折汇保出力员弁兵勇第二单。奉上谕：“曾国藩等奏统筹三路进兵直捣下游一折。览奏布置各情，甚合机宜。以长江大局而论，楚北上游既已渐次肃清，则各路官军乘胜东趋，自成破竹之势。但兵机移步换形，贼情亦诡诈百出，总须出奇应变，步步为营，以免孤军深入，方操胜算。其桂明一军，较之楚南兵勇，强弱是否相当？倘彼强此弱，南岸被剿紧急，该逆必至伺隙北渡。该督等曾否虑及？此次东下之师，关系大局转机，务期成算在胸，相机筹办，能制贼而不为贼制，庶可次第廓清也。所请饬拨陕西饷银，已谕知王庆云照数筹拨，源源接济矣。钦此。”
十三日，驰折恭谢天恩，并奏陈：“奉命署理湖北巡抚，于公事毫无所益，于臣心万难自安。臣统率水师，即日启行，于鄂垣善后事宜不能兼顾。且母丧未除，遽就官职，得罪名教，何以自立？是以不敢接受关防，仍由督臣收存。”公有奉上谕：“曾国藩虽系署住巡抚，而剿贼之事重于地方等因。”是折未奏到时，奉上谕：“曾国藩赏给兵部侍郎衔，办理军务，毋庸署理湖北巡抚。陶恩培著补授湖北巡抚，未到任以前，着杨霈兼署。钦此！”是折奏到，奉朱批：“朕料汝必辞，又念及整师东下，署抚空有其名，故已降旨，令汝毋庸署湖北巡抚，赏给兵部侍郎衔。汝此奏虽不尽属固执，然官衔竞不书署抚，好名之过尚小，违旨之罪甚大。着严行申饬。钦此。”
又奉上谕；“曾国藩既无地方之责，即可专力进剿。但必须统筹全局，毋令逆匪南北纷窜，方为妥善。并随时知照江、皖各抚及托明阿、向荣等四路兜击，以期直捣金陵。固不可迁延观望，坐失事机；亦不可锐进贪功，致有贻误。谅曾国藩等必能兼权熟计，迅奏肤功也！钦此。”
水师杨公载福等领战船先行，公与李孟群等继进。南路陆营以二十三日拔营进剿，北路陆军魁玉、杨昌泗等以十七日拔营。十九日，水师破贼于蕲州城下。二十一日。塔齐布公克复大冶县城，罗公泽南等克复兴国州城。
公舟次黄州，按行前总督吴文节公堵城营垒，于其殉难之处，为文以祭之，词甚哀厉祭文稿今佚。
二十七日，公驻舟道士洑，驰奏陆军克复兴国、大治，水师在蕲州胜仗一折。附片奏探明贼踪，于田家镇坚垒抗拒，横江铁锁二道，拟先攻半壁山，夺其要隘。又具折奏称：“臣自入鄂城以来，采访舆论，佥谓武昌再陷之由，实因崇纶、台涌办理不善。督臣吴文镕忠勤忧国，殉难甚烈，官民至今思之。即于前抚臣青麟，亦尚多哀怜之语，无怨憾之词。前任督抚优劣情形，以及年余之成败始末，关系东南大局，不敢不据实缕陈。”又奏遵保出力员弁兵勇第三次汇单请奖一折。奉上谕：“蕲州贼势尚众，水师既经攻剿得手，何以桂明等陆路一军未能赶到？曾国藩经朕畀以剿贼重任，事权不可不专，自桂明以下文武各员均归节制，倘有不遵调遣，或迁延畏葸贻误事机者，即着该侍郎专衔参奏，以肃戎行等因。钦此。”是月奉旨；“胡林翼调湖北按察使，杨载福补湖南常德协副将，罗泽南授浙江宁绍台道，均督勇剿贼。钦此。”
二十九日，蕲州贼船上犯，杨公载福、彭公玉麟等纵火尽焚之。
十月初一日，罗公泽南陆军破贼于半壁山，夺其营栅。初四日，罗公泽南等大破贼于半壁山，歼贼逾万人。初五日，贼至，复击破之。
初七日，驰奏陆军踏破半壁山贼垒，水师续获胜仗一折，阵亡员弁何如海、石炽然、徐国本请恤。附片专奏营官白人虎阵亡请恤。又片奏查明前湖北道员刘若珪殉难情形，请饬部议恤。又片奏军中子药概系湖南支应，今全军将出楚境，距湘省千数百里，请旨饬江西抚臣遴委干员，筹款开局，监制火药，铸造铁子铅弹，解营接济。
是日，具折谢恩赏兵部侍郎衔。附片陈明前折未署署湖北巡抚新衔，奉批谕申饬，蒙恩宽宥，谨奏申谢。又代奏浙江宁绍台道罗泽南呈谢天恩，仍请留营剿办贼匪。
初八日，水师攻贼船于蕲州，绕出贼前。初十日，贼船退至田家镇南岸，铁锁已为陆营湘勇斫断。杨公载福、彭公玉麟督水军于十三日攻断江中铁链，舟师飞桨而下，至邬穴纵火焚贼舟。适东南风大作，贼船四千五百余号皆尽，伏尸万数。田家镇北岸之贼大溃，毁营而遁。
十四日，驰奏南路陆军大捷，毙贼万余，斫断江岸铁锁，水师屡获胜仗一折。随折奏保李续宾、彭三元、普承尧三员阵亡，千总萧世祥请恤。附片奏陈贼踪遍扰，驿邮多梗，侦探难遣，文报难通。江、皖各营不克随时知照。请旨饬军机处，将江南、北大营现在情形及红单船现泊何处，随时未知臣行营，期通消息。奉朱批：“获此大胜，皆因汝等和衷共济，调度有方，故能将士用命，以少击众。朕披览之余，感慰莫能言喻，仍另有旨。钦此。”奉上谕：“此次我军陆路夺取半壁山，水师屡获大胜，逆贼不敢复窥南岸，办理甚为得手。据奏北兵不甚得力，究竟桂明一军现在何处？何以未与南军会合？着杨霈亲督后军，迅速前进，为曾国藩等后路声援。不准稍有迁延，致滋贻误等因。钦此。”
十四夜，蕲州之贼弃城窜去。水师追贼，船至九江城下。塔齐布公陆军破平南岸富池口贼垒。二十日，与罗公泽南率师渡江而北。
二十一日，公舟次田家镇，驰奏官军水陆大捷，烧毁贼船四千余号，田家镇蕲州两处贼悉溃窜一折。随折奏保副将杨载福，同知彭玉麟，道员罗泽南，游击普承尧、水师将弁刘培元、秦国禄、孙昌国、洪定升八余员。附片奏报水师前队追逐贼，已至九江城外，陆军即日渡江北岸进剿。又片奏臣等一军，以肃清江面，直捣金陵为主，设该逆旁窜他县，陆军竟难兼顾，请旨饬各路带兵大臣及各省督抚择要堵御，预防流贼之患。奉朱批：“续获此胜，皆因汝等筹画尽心，朕甚廑念。钦此。”又奉上谕：“曾国藩、塔齐布自岳州统帅东下以来，沿江攻克城池，歼除丑类，所向克捷。皆由同心戮力，调度有方。节次披览奏章，朕心实深欣慰。在事文武员弁兵勇亦能人人用命，奋不顾身，尤堪嘉奖。钦此。”
陆军渡江循北岸而下。二十六日，遇贼于莲花桥，击破之。二十八日，克复广济县城。
水师追击贼船，二十八日战于九江城外，破之。
十一月初一日，陆师破贼于双城驿。初三日，破贼于夏新桥。初四日，克复黄梅县城。
初六日，驰奏莲花桥胜仗克复广济及水师九江胜仗一折。阵亡将弁苏胜、郑沐、李金梁请恤。附片预报黄梅胜仗，并陈桂明一军未能会剿缘由。又附片奏蕲州州判魏作霖殉难，请恤。又片奏调湖南永州府知府张丞实来营，添募湘勇，交该守管带，以厚兵力。又附片奏报服阕日期，现在办理军务，在营释服。是日具折奏保克复武汉及兴国、大治、蕲州各案水陆两军出力员弁兵勇共三百四十人，开单请奖。罗公泽南自黄梅拔营进剿，破贼于濯港。
十一日，公驰奏双城驿、大河埔、夏新桥胜仗黄梅克复一折。随折奏保周友胜、余星元、膝国献三弁，阵亡千总王映轸，请恤。附片奏濯港胜仗。又奏陈近日剿办情形一折。奏称：九江贼船不多，我师两次苦战，未能大挫凶锋，皆因两岸贼营太多，水陆依护，抵拒甚力。我之水师与陆军隔绝，昼夜戒严，劳苦倍甚。并陈可恃者数端，可虑者亦数端。
时迭奉谕旨，令湖北、江西两省派兵会剿，总督杨公霈派桂明一军，留驻黄州，魁玉、杨昌泗随同剿贼。蕲州以下杨公霈自驻黄梅、广济之间。江西派臬司恽光宸、总兵赵如胜驻军九江境上。皆奉旨归公节制调度。又奉上谕：“杨霈奏克复广济、黄梅一折，所叙进攻九江情形，似该郡贼党尚复不少。塔齐布渡江而北，南岸官军即不能得手，是江西陆路兵勇殊不足恃，塔齐布仍须渡回南岸。倘南北两岸专恃一塔齐布奔驰追剿，则湖北、江西两省官兵，岂不皆成虚设耶？钦此。”
十二日，塔齐布公、罗公泽南等破贼于孔陇驿。十三日，小池口贼遁去。十四日，水师焚贼船排，浔郡江面贼略尽。公即日进驻九江城外。十五日，塔公陆军抵小池口。水师击破贼船，进泊湖口。贼踞守九江，坚不可下。十八日，陆军渡江南岸，驻营九江南门外。
二十一日，驰奏濯港孔陇驿小池口胜仗、浔郡江面肃清，水师进扼湖口一折。随折奏保朱南桂、童添云二员。附片奏参鄂军营官李光荣所带川勇，掳掠滋扰，请革职讯办。又片奏称：攻围九江陆兵单薄，湖北臬司胡林翼识略冠时，已札饬带勇二千，驻防田家镇，就近飞调该军来浔助剿；副将王国才、都司毕金科，朴实勇敢，驭军有法，请拨带劲旅，交臣调遣；皖省道员何桂珍、知县李沛苍在六安等处带勇防剿，亦请归臣调遣。又片奏请旨饬江西抚臣趱造攻具，解交行营。均奉旨允准。又奉上谕：“曾国藩、塔齐布运筹决胜、戮力同心，麾下将士率皆转战无前，争先用命，皆由曾国藩等调度有方。览奏之余，实堪嘉慰。曾国藩着赏穿黄马褂，并发去狐腿黄马褂一件，白玉四喜扳指一个，白玉巴图鲁翎管一枝，玉靶小刀一柄，火镰一把，交曾国藩祗领，以示优奖。钦此。”
贼踞九江、湖口两城，浚濠坚垒，结木排于湖口城下，以阻官军入湖之路，而别筑石垒于梅家洲，水陆相倚。贼舟屯踞大姑塘，扰犯南康府。二十一日，罗公泽南湘军渡江未毕，为贼所乘，回军击却之。胡公林翼军亦至，均驻九江城外。水军登岸攻贼，屡破之。贼每乘夜惊营，水师亦彻夜戒严。
十二月初一日，陆军合攻九江城，未克。初三日，驰奏水军屡获胜仗、陆军围逼浔城、现筹攻剿情形一折。阵亡将弁曾献成、周福友、罗嘉典请恤。奉上谕：“我军自肃清浔江，进扼湖口以后，满拟九江郡城乘胜可克，乃连日焚毁贼船，蹋破贼垒。而该逆死党仍负固坚守，殊属凶悍。贼情变幻靡常，着曾国藩、塔齐布相机筹画，不可稍有孟浪，致误事机。钦此。”
初六日，胡公林翼、罗公泽南击贼于梅家洲，破之。水师乘势攻破湖口木排贼卡。
初八日，童壮节公添云因攻城受伤，卒于军。
初十日，水陆合攻湖口贼营，未克。十二日，水军舢板船驶入内湖，焚贼舟数十号，乘胜追逐至大姑塘以上。贼复于湖口设卡筑垒，增栅以断其后。舢板船遂不得出。其在外江者，皆快蟹、长龙诸大船，调运不灵，贼以小艇乘夜来袭，战船被焚者三十九号，余皆退回九江大营。
十四日，驰奏九江、湖口水陆攻剿情形一折。随折奏保刘国斌、孙昌国二弁，阵亡参将童添云暨兵弁叶楚南、杨玉芳、黄韵南、姜陵浩请恤。
水师既退，集九江城外湖口之贼分股渡江，踞小池口皖贼复上犯鄂境。公派周凤山陆营渡江，攻剿小池口贼垒，大挫而还。公急调胡林翼、罗泽南回援九江，驻营南岸官牌夹。
二十五日，贼复以小艇夜袭水军，放火焚战船十余号。公座船陷于贼，文卷册牍俱失。公棹小舟驰入陆军以免。调舟师悉泊南岸，与罗公泽南湘勇陆营紧相依护。粮台辎重各船，皆退驶至邬穴，以上战舰亦多溃而上泝者。公愤极，欲策马赴敌以死，罗公泽南、刘公蓉及幕友等力止之。
三十日，驰奏水师在内湖三获胜仗一折，外江水师两次败挫一折。奏称：水师屡获大捷，声威尤震。自至湖口苦战经月，忽有挫失，皆由臣国藩调度无方，请交部严加议处。水师阵亡将弁史久立、李允升、李选众、沈光荣、葛荣册及座船弁兵刘盛槐等请恤。奉上谕：“水师锐气过甚，由湖口驶至姑塘以上，长龙、三板各船与外江师船隔绝，以致逆氛顿炽。两次被贼袭营，办理未为得手。曾国藩自出岳州以后，与塔齐布等协力同民心，扫除群丑，此时偶有小挫，尚与大局无损、曾国藩自请严议之处，着加恩宽免。钦此。”
杨公载福留邬穴养病，闻败，力疾而下，督战船拒贼却之。寻以病甚回籍。水军在外江者，李公孟群、彭公玉麟，与陆军依岸而守；其入鄱湖者，营官萧捷三、段莹器、孙昌国、黄翼升等领之。由是水师遂有内湖、外江之分。
是岁正月，科尔沁郡王僧格林沁及胜保公督兵破贼于独流。二月，破贼于阜城。三月，贼由安徽分股窜山东，陷临清州。四月，胜保公歼贼于临清，僧王大军克阜城。五月贼陷高唐州，大兵围之。
江北大军于去冬收复扬州，贼窜踞瓜洲。是年二月，瞿威壮公腾龙阵亡于瓜洲。贼陷太平府，孙文节公铭恩死之。闰七月，江南军官克太平府，江北督师文勤公琦善卒于军，江宁将军托明阿代其任。
庐州陷后，皖北城邑多残破，诏以福济为安徽巡抚。江南大营复遗提督和春以兵援皖。五月，克六安都。捻匪乘乱起于皖、豫之交，副都御史袁公甲三督师驻临淮关防剿。何公桂珍奉旨授皖南兵备道。道阻不得之任，袁公委以带勇剿贼，驻于霍山。屡有功，欲西与楚军会合。公亦疏调来营，阻于贼而不能达。
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