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生物信息学 山东大学
- 内容简介:
- 生物信息学是一门发展潜力巨大的交叉学科。本课程适用于生命科学、农学、医学、信息科学等相关专业本科、硕士、博士各阶段的同学，以及生物医学领域的科研工作者。课程涵盖生物信息学领域的几乎所有内容，包括数据库、序列分析、蛋白质结构、组学、算法、统计、数据挖掘、编程等，真的很有用哦~，亲！
- 价格:
- 免费
课程介绍
| 第一章：绪论 | 1.1 课程介绍 | 课程介绍-视频 |
| 第一章：绪论 | 1.2 探索生物信息学神秘岛 | 1.2 探索生物信息学神秘岛-01 |
| 第一章：绪论 | 1.2 探索生物信息学神秘岛 | 1.2 探索生物信息学神秘岛-02 |
| 第一章：绪论 | 1.3 生物信息学是神马 | 1.3 生物信息学是神马-视频 |
| 第一章：绪论 | 1.4 这门课学神马 | 1.4 这门课学神马-视频 |
| 第二章：生物数据库（第一部分） | 2.1 为什么需要生物数据库 | 2.1 为什么需要生物数据库-视频 |
| 第二章：生物数据库（第一部分） | 2.2 生物数据库的分类 | 2.2 生物数据库的分类-视频 |
| 第二章：生物数据库（第一部分） | 2.3 文献数据库：PubMed | 1. 基本使用-视频 |
| 第二章：生物数据库（第一部分） | 2.3 文献数据库：PubMed | 2. 高级搜索-视频 |
| 第二章：生物数据库（第一部分） | 2.4 一级核酸数据库：GeneBank | 1. 原核生物核酸序列（1）-视频 |
| 第二章：生物数据库（第一部分） | 2.4 一级核酸数据库：GeneBank | 2. 原核生物核酸序列（2）-视频 |
| 第二章：生物数据库（第一部分） | 2.4 一级核酸数据库：GeneBank | 3. 真核生物核酸序列mRNA-视频 |
| 第二章：生物数据库（第一部分） | 2.4 一级核酸数据库：GeneBank | 4. 真核生物核酸序列DNA-视频 |
| 第二章：生物数据库（第一部分） | 2.5 一级核酸数据库：基因组数据库 | 1. 基因组数据库Ensemble-视频 |
| 第二章：生物数据库（第一部分） | 2.5 一级核酸数据库：基因组数据库 | 2. 微生物宏基因组数据库JCVI-视频 |
| 第二章：生物数据库（第一部分） | 2.6 二级核酸数据库 | 2.5 二级核酸数据库-视频 |
| 第二章：生物数据库（第二部分） | 2.7 一级蛋白质序列数据库：UniProtKB | 1. UniProt数据库介绍-视频 |
| 第二章：生物数据库（第二部分） | 2.7 一级蛋白质序列数据库：UniProtKB | 2. UniProtKB注释解读（1）-视频 |
| 第二章：生物数据库（第二部分） | 2.7 一级蛋白质序列数据库：UniProtKB | 3. UniProtKB注释解读（2）-视频 |
| 第二章：生物数据库（第二部分） | 2.8 一级蛋白质结构数据库：PDB | 1. PDB数据库介绍-视频 |
| 第二章：生物数据库（第二部分） | 2.8 一级蛋白质结构数据库：PDB | 2. PDB文件注释解读-视频 |
| 第二章：生物数据库（第二部分） | 2.8 一级蛋白质结构数据库：PDB | 3. PDB文件3D展示JSmol-视频 |
| 第二章：生物数据库（第二部分） | 2.9 二级蛋白质数据库：Pfam，CATH，SCOP2 | 1. 结构域家族数据库Pfam-视频 |
| 第二章：生物数据库（第二部分） | 2.9 二级蛋白质数据库：Pfam，CATH，SCOP2 | 2. 结构分类数据库CATH-视频 |
| 第二章：生物数据库（第二部分） | 2.9 二级蛋白质数据库：Pfam，CATH，SCOP2 | 3. 结构分类数据库SCOP2-视频 |
| 第二章：生物数据库（第二部分） | 2.10 专用数据库：KEGG，OMIM | 1. 京都基因与基因组百科全书KEGG-视频 |
| 第二章：生物数据库（第二部分） | 2.10 专用数据库：KEGG，OMIM | 2. 人类孟德尔遗传在线OMIM-视频 |
| 第三章：序列比较（第一部分） | 3.1 认识序列 | 3.1 认识序列-视频 |
| 第三章：序列比较（第一部分） | 3.2 序列相似性 | 3.2 序列相似性-视频 |
| 第三章：序列比较（第一部分） | 3.3 替换记分矩阵 | 1. 核酸序列的替换记分矩阵-视频 |
| 第三章：序列比较（第一部分） | 3.3 替换记分矩阵 | 2. 蛋白质序列的替换记分矩阵（1）-视频 |
| 第三章：序列比较（第一部分） | 3.3 替换记分矩阵 | 3. 蛋白质序列的替换记分矩阵（2）-视频 |
| 第三章：序列比较（第一部分） | 3.4 序列两两比较：打点法 | 1. 打点法的用途-视频 |
| 第三章：序列比较（第一部分） | 3.4 序列两两比较：打点法 | 2. Dotlet界面介绍-视频 |
| 第三章：序列比较（第一部分） | 3.4 序列两两比较：打点法 | 3. Dotlet应用实例-视频 |
| 第三章：序列比较（第一部分） | 3.5 序列两两比较：序列比对法 | 1. 什么是序列比对-视频 |
| 第三章：序列比较（第一部分） | 3.5 序列两两比较：序列比对法 | 2. 双序列全局比对-视频 |
| 第三章：序列比较（第一部分） | 3.5 序列两两比较：序列比对法 | 3. 双序列局部比对-视频 |
| 第三章：序列比较（第一部分） | 3.6 一致度和相似度 | 3.6 一致度和相似度-视频 |
| 第三章：序列比较（第二部分） | 3.7 在线双序列比对工具 | 1. EMBL全局双序列比对工具-视频 |
| 第三章：序列比较（第二部分） | 3.7 在线双序列比对工具 | 2. Gap的类型及分值设置-视频 |
| 第三章：序列比较（第二部分） | 3.7 在线双序列比对工具 | 3. EMBL局部双序列比对工具-视频 |
| 第三章：序列比较（第二部分） | 3.7 在线双序列比对工具 | 4. 其他在线双序列比对工具-视频 |
| 第三章：序列比较（第二部分） | 3.8 BLAST搜索 | 1. BLAST是怎么样工作的-视频 |
| 第三章：序列比较（第二部分） | 3.8 BLAST搜索 | 2. BLAST的种类-视频 |
| 第三章：序列比较（第二部分） | 3.8 BLAST搜索 | 3. NCBI_BLASTp-视频 |
| 第三章：序列比较（第二部分） | 3.8 BLAST搜索 | 4. NCBI_PSI-BLAST-视频 |
| 第三章：序列比较（第二部分） | 3.8 BLAST搜索 | 5. NCBI_PHI-BLAST-视频 |
| 第三章：序列比较（第二部分） | 3.8 BLAST搜索 | 6. 其他BLAST-视频 |
| 第三章：序列比较（第三部分） | 多序列比对介绍 | 1. 用途及算法-视频 |
| 第三章：序列比较（第三部分） | 多序列比对介绍 | 2. 注意事项-视频 |
| 第三章：序列比较（第三部分） | 在线多序列比对工具 | 1. EMBL：Clustal Omega-视频 |
| 第三章：序列比较（第三部分） | 在线多序列比对工具 | 2. TCOFFEE：Expresso-视频 |
| 第三章：序列比较（第三部分） | 在线多序列比对工具 | 3. 多序列比对的保存格式-视频 |
| 第三章：序列比较（第三部分） | 多序列比对的编辑和发布 | 1. Jalview的介绍和操作-视频 |
| 第三章：序列比较（第三部分） | 多序列比对的编辑和发布 | 2. Jalview的编辑和发布-视频 |
| 第三章：序列比较（第三部分） | 寻找保守区域 | 1. 序列标识图：Weblogo-视频 |
| 第三章：序列比较（第三部分） | 寻找保守区域 | 2. 序列基序：MEME-视频 |
| 第三章：序列比较（第三部分） | 寻找保守区域 | 3. PRINTS指纹图谱数据库-视频 |
| 第四章：分子进化与系统发生 | 进化的故事 | 1. 拉马克与用进废退-视频 |
| 第四章：分子进化与系统发生 | 进化的故事 | 2. 达尔文与自然选择-视频 |
| 第四章：分子进化与系统发生 | 基本概念 | 1. 如何研究进化-视频 |
| 第四章：分子进化与系统发生 | 基本概念 | 2. 不同的同源 |
| 第四章：分子进化与系统发生 | 基本概念 | 3. 树状还是网状-视频 |
| 第四章：分子进化与系统发生 | 系统发生树 | 1. 系统发生树的样子-视频 |
| 第四章：分子进化与系统发生 | 系统发生树 | 2. 系统发生树的种类-视频 |
| 第四章：分子进化与系统发生 | 系统发生树的构建 | 1. 系统发生树的构建-视频 |
| 第四章：分子进化与系统发生 | MEGA7构建NJ树 | 1. 建树前准备-视频 |
| 第四章：分子进化与系统发生 | MEGA7构建NJ树 | 2. 构建NJ树-视频 |
| 第四章：分子进化与系统发生 | 课后甜品 | 超有创意的进化史 |
| 第四章：分子进化与系统发生 | 课后甜品 | 纸张上的进化史 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第一部分） | 蛋白质的结构 | 1. 蛋白质的结构-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第一部分） | 蛋白质的二级结构 | 1. DSSP指认-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第一部分） | 蛋白质的二级结构 | 2. PDB获取-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第一部分） | 蛋白质的二级结构 | 3. 软件预测-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第一部分） | 蛋白质的三级结构 | 1. 蛋白质的三级结构-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第一部分） | 三级结构可视化软件VMD | 1. file and mouse-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第一部分） | 三级结构可视化软件VMD | 2. representation-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第一部分） | 三级结构可视化软件VMD | 3. multiple representations-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第一部分） | 三级结构可视化软件VMD | 4. display and lable-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） | 计算方法预测三级结构 | 1. 介绍-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） | 计算方法预测三级结构 | 2. 同源建模法SWISS-MODEL-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） | 计算方法预测三级结构 | 3. 穿线法I-TASSER-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） | 计算方法预测三级结构 | 4. 从头计算法QUARK-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） | 计算方法预测三级结构 | 5. 综合法ROBETTA-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） | 计算方法预测三级结构 | 6. 模型质量评估-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） | 三级结构的比对 | 1. SuperPose叠合-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） | 三级结构的比对 | 2. SPDBV选择叠合-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） | 蛋白质分子表面性质 | 1. VMD创建PSF文件-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） | 蛋白质分子表面性质 | 2. APBS计算表面电荷分布-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第三部分） | 获取蛋白质四级结构 | 1. 实验方法获取-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第三部分） | 蛋白质-蛋白质分子对接 | 1. 常用对接软件ZDOCK-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第三部分） | 蛋白质-蛋白质分子对接 | 2. 相互作用面分析PDBePISA-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第三部分） | 蛋白质-小分子分子对接 | 1. AutoDock安装-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第三部分） | 蛋白质-小分子分子对接 | 2. AutoDock预处理-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第三部分） | 蛋白质-小分子分子对接 | 3. AutoDock对接-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第三部分） | 虚拟筛选与反向对接 | 1. 虚拟筛选-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第三部分） | 虚拟筛选与反向对接 | 2. Autodock Vina-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第三部分） | 虚拟筛选与反向对接 | 3. 反向对接-视频 |
| 第五章：蛋白质结构预测与分析（第三部分） | 分子动力学模拟 | 1. 分子动力学模拟-视频 |
| 第六章：高通量测序技术及应用 | 基因组学与测序技术 | 1. 基因组学与测序技术-视频 |
| 第六章：高通量测序技术及应用 | 高通量测序技术在精准医学中的应用 | 1. 高通量测序技术在精准医学中的应用-视频 |
| 第六章：高通量测序技术及应用 | 生物信息学面临的挑战 | 1. 测序偏差错误-视频 |
| 第六章：高通量测序技术及应用 | 生物信息学面临的挑战 | 2. 计算速度与内存-视频 |
| 第六章：高通量测序技术及应用 | 生物信息学面临的挑战 | 3. 数据存储与可视化-视频 |
| 第六章：高通量测序技术及应用 | 从头测序 | 1. 从头测序-视频 |
| 第六章：高通量测序技术及应用 | 重测序 | 1. 重测序-视频 |
| 第六章：高通量测序技术及应用 | 转录组测序 | 1. 转录组测序-视频 |
| 第六章：高通量测序技术及应用 | 表观基因组学 | 1. 表观基因组学-视频 |
| 第六章：高通量测序技术及应用 | 猛犸象基因组测序计划 | 1. 6.8猛犸象基因组测序计划-视频 |
| 第六章：高通量测序技术及应用 | 古基因组学面临的挑战 | 1. 古基因组学面临的挑战-视频 |
| 第六章：高通量测序技术及应用 | 古基因组学研究中的生物信息技术 | 1. 古基因组学研究中的生物信息技术-视频 |
| 第七章：统计基础与序列算法 | 贝叶斯公式及其生物学应用 | 1. 概念及推导-视频 |
| 第七章：统计基础与序列算法 | 贝叶斯公式及其生物学应用 | 2. 基本应用举例-视频 |
| 第七章：统计基础与序列算法 | 贝叶斯公式及其生物学应用 | 3. 生物学中的应用案例-视频 |
| 第七章：统计基础与序列算法 | 二元预测的灵敏度和特异度 | 1 .灵敏度与特异度-视频 |
| 第七章：统计基础与序列算法 | 二元预测的灵敏度和特异度 | 2. 生物学中灵敏度与特异度的应用案例-视频 |
| 第七章：统计基础与序列算法 | 二元预测的灵敏度和特异度 | 3. 位点特异性加权矩阵-视频 |
| 第七章：统计基础与序列算法 | 基本序列算法 | 1. 构建后缀树-视频 |
| 第七章：统计基础与序列算法 | 基本序列算法 | 2. 使用后缀树-视频 |
| 第七章：统计基础与序列算法 | 基本序列算法 | 3. 最高分子序列-视频 |
| 第八章：数据挖掘 | 什么是数据挖掘 | 1. 什么是数据挖掘-视频 |
| 第八章：数据挖掘 | 什么是数据挖掘 | 2. 淘宝数据盛典-视频 |
| 第八章：数据挖掘 | 什么是数据挖掘 | 3. 滴滴出行大数据-视频 |
| 第八章：数据挖掘 | 数据库系统 | 1. 数据库系统-视频 |
| 第八章：数据挖掘 | 机器学习 | 1. 主要任务-视频 |
| 第八章：数据挖掘 | 机器学习 | 2. K次交叉检验-视频 |
| 第八章：数据挖掘 | 机器学习 | 3. 常见算法-视频 |
| 第八章：数据挖掘 | WEKA | 1. WEKA中的术语-视频 |
| 第八章：数据挖掘 | WEKA | 2. 属性类型及ARFF格式转化-视频 |
| 第八章：数据挖掘 | WEKA | 3. Explorer界面介绍-视频 |
| 第八章：数据挖掘 | WEKA | 4. 数据预处理-视频 |
| 第八章：数据挖掘 | WEKA | 5. 执行挖掘任务-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第一部分） | Linux操作系统 | 1. Linux操作系统-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第一部分） | Linux基本命令 | 1. Linux基本命令（01）-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第一部分） | Linux基本命令 | 2. Linux基本命令（02）-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第一部分） | Perl语言基础入门 | 1. Perl语言基础入门（01）-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第一部分） | Perl语言基础入门 | 2. Perl语言基础入门（02）-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第一部分） | Perl语言基础入门 | 3. Perl语言基础入门（03）-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第一部分） | Perl语言基础入门 | 4. Perl语言基础入门（04）-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第一部分） | Perl语言基础高级 | 1. Perl语言基础高级（01）-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第一部分） | Perl语言基础高级 | 2. Perl语言基础高级（02）-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第二部分） | 前端开发和HTML介绍 | 1. 前端开发和HTML介绍-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第二部分） | HTML常用标签 | 1. HTML常用标签（01）-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第二部分） | HTML常用标签 | 2. HTML常用标签（02）-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第二部分） | 设计简单的网页 | 1. 设计简单的网页（01）-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第二部分） | 设计简单的网页 | 2. 设计简单的网页（02）-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第二部分） | 设计简单的网页 | 3. 设计简单的网页（03）-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第二部分） | 设计简单的网页 | 4. 设计简单的网页（04）-视频 |
| 第九章：编程基础与网页制作（第二部分） | HTML与CGI简单交互 | 1. HTML与CGI简单交互-视频 |
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